In dit geheel nieuwe verhaal dat speciaal voor de dvd is geproduceerd, leidt Conan een groep jonge detectives tegen de fantoomdief Kaitou Kid, die zijn ogen heeft gericht op een juweel in een hotel op een afgelegen eiland.
Wanneer aardbevingen Japan opschudden, is professor Saotome zeker dat het het werk van het dinosaurusimperium is. Michiru gaat erop uit om de commandomodule te onderzoeken, maar wordt snel neergeschoten en gewond; De dader is niemand minder dan Megazaus! Team Getter Robo wil graag wraak nemen op Michiru, maar eerst moeten ze de gebroken wegen trotseren en een arts voor haar vinden. Zodra Getter Robo is gevormd, moeten ze Megazaus Underground volgen en hem verslaan voordat hij de steden van Japan vernietigt.
Het jaar is 2220. De aarde lijkt opgeslokt te worden door een zwart gat in het heelal. De gehele bevolking (bestaande uit 300 miljoen mensen) zal nu moeten verhuizen naar de planeet Amahr, 27.000 lichtjaren verderop. Tijdens het laatste transport wordt het ruimteschip Yamato echter aangevallen...