Op de boerderij Mullewapp is alles rustig, totdat Johnny Muis langskomt! Hij wordt een held als hij per ongeluk de boze vos verjaagt. Als Wolkje het lammetje verdwijnt, wordt Muis achter haar aangestuurd. Maar is Muis wel zo dapper als hij zich voordoet?
De film bestaat uit twee verhalen: “Ishi Okoshi” en “Ayashiki Raihousha”. In 'Ishi Okoshi' ontmoet Natsume een kleine youkai genaamd Mitsumi in een bos. Mitsumi heeft de plicht om de goddelijke youkai 'Iwatetsu' uit zijn diepe slaap te wekken, iets waar Natsume mee instemt te helpen. In 'Ayashiki Raihousha' verschijnt een mysterieuze bezoeker voor Tanuma. Bijna elke dag bezoekt hij Tanuma, praat even met haar en vertrekt dan. Natsume, die weet dat de bezoeker een youkai is, maakt zich zorgen over Tanuma, maar Tanuma geniet van deze gesprekken met de entiteit. De youkai wil hem geen kwaad doen, maar Tanuma's gezondheid begint langzaam achteruit te gaan.
Terwijl Kiyomaro zich haast om de bus naar het kustkamp te nemen, weet hij niet dat Dr. M2, een demonische magische wetenschapper uit de toekomst, een robot heeft gestuurd om hem te ontvoeren. Hij zit gevangen in het ongewisse met de gekke magische wetenschapper die zijn partner wil zijn, en een leger Vulcan-robot-lookalikes. Dr. M2 stuurt een robot om te doen alsof hij vriendschap sluit met Gash, waardoor hij uit de buurt van Kiyomaro blijft totdat M2 met het tienergenie naar de toekomst kan onderduiken. Uiteindelijk komt het erop aan de wereld te redden met een beetje hulp van hun vrienden...
Jaar 2036. De geneeskunde heeft een revolutie ondergaan dankzij de uitvinding van de nanomachines van het Shell-systeem, waardoor de dood tot het verleden behoort. Alleen de rijksten kunnen zich dit echter veroorloven. Yozo Oba is niet rijk en maakt zich zorgen over vreemde dromen, maar hij besluit zich bij de motorbende van zijn vriend aan te sluiten en een inval te doen in “The Inside”, de plek waar de rijke mensen wonen. Dit zal Yozo's leven voor altijd veranderen.
Wanneer de keizer sterft moet zijn zoon de troon bestijgen. Dit gaat gepaard met de nodige complotten. Over het gehele land worden vrouwen gezocht om de vrouw van de keizer te worden. Een van die vrouwen is Ginga. Zij probeert ook de vrouw van de keizer te worden. Ginga is echter niet wat je zou verwachten van een keizerin.