Om hun waarden hoog te houden en gerechtigheid te eisen, slaan de hoofdinspecteur van de afdeling Verkeersonderzoek en de hoofdinspecteur van de East Kowloon Crime Squad de handen ineen in een strijd van verstand tegen een advocaat die bekend staat om het vinden van mazen in de wet om zijn cliënt te helpen .
Archeoloog Jack Wilder stuit op aanwijzingen over de verblijfplaats van de legendarische Incastad El Dorado. Hij wordt gevolgd door een dodelijke huursoldaat en gevangengenomen door het corrupte Peruaanse leger. Hij wordt gered door een ex-minnaar, Maria Martinez, die hem vergezelt op zijn zoektocht naar de legendarische gouden stad.
In de lente, wanneer de bloemblaadjes van de kersenbloesem vallen, verhuist Yū Narukami naar Yaso Inaba om bij zijn oom en neef te gaan wonen vanwege familieomstandigheden . Hij gaat naar de Yasogami High School, waar zijn schoolleven vol evenementen begint. Wanneer er echter seriemoorden plaatsvinden in het vredige stadje, wordt Yū wakker geschud door de kracht van zijn hart dat in een fysieke vorm is veranderd: A Persona. Binnen deze nieuwe mysteries bevindt zich Marie, een inwoner van de alternatieve wereld, de Fluwelen Kamer, die geen herinneringen heeft aan haar verleden. Samen met zijn vrienden moet Yū alle raadsels oplossen die voor hem liggen en Yaso Inaba redden van verder geweld.
In het land Midgard verbreekt een bloeddorstige veroveraar het zegel dat Dhaos vasthoudt, de demonenkoning wiens doel het is om de hele mensheid uit te roeien. Een paar overlevenden van deze destructieve gebeurtenis hebben zich verenigd in een poging om te vechten tegen de naderende duisternis en chaos. Een krijger, geestelijke, heks, summoner, boogschutter en ninja vormen de Helden van Ruimte en Tijd terwijl ze Dhaos meedogenloos achtervolgen om zijn verovering van de dood te beëindigen.
Onbewust ontdekt Utopia More een eeuwenoud record dat de sleutel tot het universum bevat. Met het universum in haar greep heeft de meedogenloze zigeunerdoc van het Piratengilde zijn ogen gericht op de macht die zij uitoefent. Dat is totdat de legendarische ruimtepiraat Cobra hem in de weg staat en Utopia redt. De twee moeten nu samenwerken om te voorkomen dat Gypsy Doc het universum overneemt.