Het verhaal speelt zich af in een ander Tokio, in een andere wereld dan de onze, en volgt Tokunana, een eenheid van verzamelde buitenbeentjes bij de Metropolitan Police Department. Tokunana strijdt tegen 'Nine', een organisatie die misdaden begaat in hun ijverige aanbidding van de draken die ooit over de wereld zwierven.
Het speelt zich af in een wereld waar het concept van muziek ophoudt te bestaan. Het verhaal begint wanneer een jongen Myuu tegenkomt, een mysterieus meisje dat een audio-ingang in haar lichaam heeft. De twee vermengen zich met de geschiedenis van de rockmuziek en beginnen aan een onvergetelijke reis.
Toen hij nog een kind was, was Murakami bevriend met een meisje dat hij Kuroneko noemde. Op een dag, terwijl ze het bestaan van buitenaardse wezens aan Murakami probeert te bewijzen, komt ze om het leven bij een ongeval dat hij ternauwernood overleeft. Murokami is schuldig aan zijn rol bij het ongeval en besluit zijn leven te wijden aan het bewijzen dat buitenaardse wezens bestaan. Dan, op een dag, komt er een nieuwe leerling met mysterieuze krachten in zijn klas, die niet alleen veel op Kuroneko lijkt, maar ook Kuroha, Neko, heet.
Het gerenommeerde Insurance International Co. heeft een informatienetwerk opgezet, geleid door detective Jack Clementi, om zich te verdedigen tegen verzekeringsfraude. Jack heeft het bedrijf enorme hoeveelheden geld bespaard tijdens zijn succesvolle onderzoeken en zijn bazen zijn meer dan bereid om zijn bruuske manieren, zijn onthutsende eerlijkheid en zijn intolerantie voor elke vorm van bedrijfsbureaucratie te accepteren. Toch is hij een grote jongen met een enorm hart.
Militair CC keert na tien jaar dienst terug naar huis in Denemarken. CC voelt zich schuldig over de dood van zijn beste vriend Peter. Achtervolgd door schuldgevoelens over zijn laatste missie, en om Peter's weduwe te helpen, besluit hij te infiltreren in een gevaarlijke motorbende. De Deense agente Louise probeert hem zo goed mogelijk bij te staan tijdens zijn onderzoek.