Op de Rainbow Bridge in Odaiba, Tokio vindt een aanval plaats door de gevechtshelikopter 'Gray Ghost'. 2 dagen eerder was de Gray Ghost gestolen. De daders zijn volgelingen van Yukihito Tsuge. Yukihito Tsuge plande 13 jaar eerder een staatsgreep in Tokio. De leider van Special Vehicle Section 2, Keiji Gotoda, gaat op pad om de terroristen te stoppen.
Stilletjes aan is er een invasie gaande op de aarde. Parasiterende wormen kruipen via de neus of oren naar de hersenen van mensen en nemen zo controle over hen. De doodnormale scholier Shinichi Izumi en de parasiet “Migi” die in zijn handpalm zit zijn tot een symbiotische overeenstemming waarbij hun beider persoonlijkheden intact blijven.
Dit is de laatste dag werkdag van Geffrey International Warehouse. De gênante sfeer zal niet alleen geleidelijk uit de hand lopen, maar ook leiden tot een onverwachte verwoestende ramp.