Het is 2029, en de 'Future War' woedt in alle hevigheid tussen een groep van menselijke rebellen en het slechte A.I.-netwerk Skynet. John Connor is de leider van de opstand en Kyle Reese is zijn trouwe soldaat, opgegroeid in de ruïnes van het post-apocalyptische Californië.
Als de liefde van zijn leven verdwijnt, ontdekt Slater het bedrijf ‘Brand New U’, een mysterieuze organisatie die identieke versies van mensen maakt. Opgejaagd door zijn klonen, moet Slater hen vermoorden en zichzelf vinden om Nadia te redden. Maar hoe kan hij zeker zijn dat wie hij vindt ook echt Nadia is? En hoe zeker is hij nog over wie hij zelf is?
Kusanagi's team wordt ingehuurd om een onschuldig ogende gijzeling op te lossen, maar het is niet meer dan een list om haar team weg te krijgen bij het echte doelwit. Een eind verderop wordt een succesvolle aanslag gepleegd op de eerste minister van Japan. Kusanagi en haar team worden alsnog op de zaak gezet en ze krijgen hulp van de zoon van de eerste minister om de dader te ontmaskeren.