In de nabije toekomst ontdekken twee jonge zussen, die samen met hun familie in een afgelegen bos wonen, dat de wereld om hen heen op de rand van een apocalyps staat. Enkel gevoed door geruchten moeten ze afrekenen met indringers, ziekte, eenzaamheid en uithongering. Deze beproeving zal hen van hulpeloze maar verfijnde jonge dames omvormen tot sterke maar volledig primitieve wezens.
'Approaching the Unknown' volgt een astronaut, William D. Stanaforth genaamd, met de eenmansmissie om de eerste stappen te maken met betrekking tot de kolonisatie van de planeet Mars. Terwijl de wereld toekijkt en hij helemaal alleen is, eist de reis zijn tol.
Slechterik Shredder ontsnapt uit hechtenis en sluit zich aan bij de gestoorde wetenschapper Baxter Stockman en zijn twee onnozele handlangers, Bebop en Rocksteady. De Turtles proberen het duivelse plan van Shredder en zijn nieuwe crew om de wereld over te nemen tegen te houden, maar dan komt er nog groter kwaad op hun pad: de beruchte Krang.