Er is vijf jaar verstreken. Er hangt geen vuiltje aan de lucht en Fin, zijn familie en de kosmos hebben geen sharknado's meer te verduren gehad. Maar dat staat op het punt te veranderen. Het fenomeen begint zich wederom voor te doen en sharknado's komen op de meest onverwachte plaatsen en manieren tevoorschijn.
De Verenigde Staten van 1967, tijdens het hoogtepunt van de Koude Oorlog. De CIA vermoedt dat er zich een Russische spion bevindt binnen NASA. Deze Rus zou het Apollo-project saboteren. Twee undercoveragenten worden er op afgestuurd.
Een enorme chaos ontstaat in Japan door de verschijning van een gigantisch radioactief monster: Godzilla. Al snel grijpen de Verenigde Staten in om Japan te redden van deze ramp, maar geen enkel wapen lijkt de King of Monsters tegen te houden.
Mr. Freeze en de Penguin breken in Arkham Asylum. Ze zetten hun nieuwste plan in werking en veranderen Killer Croc, Bane en andere schurken in enorme monsters. Zij laten vervolgens een spoor van vernieling achter in Gotham City.