In het verhaal zijn de seizoenen veranderd en binnenkort is het de tweede lente. Tatsuya en Miyuki hebben hun eerste jaar op de First Magic High School afgerond en zijn op voorjaarsvakantie. De twee gaan naar hun villa op de Ogasawara-eilandarchipel. Na slechts een klein moment van rust verschijnt een eenzame jonge vrouw genaamd Kokoa voor hen. Ze heeft de marinebasis verlaten en vertelt Tatsuya haar enige wens.
Ren Amari is de uitvindster van het revolutionaire nieuwe geneesmiddel OtherLife dat het gevoel van tijd uitbreidt in de hersenen en de virtuele realiteit rechtstreeks in de geest van de gebruiker creëert.
Cade Yeager wordt beschermd door Autobots Bumblebee, Hound, Drift, en Crosshairs. Optimus Prime wordt nog steeds vermist, hij is namelijk alle uithoeken van het universum aan het afzoeken naar zijn schepper Unicron.
Een verhaal over een dystopische toekomst waarin een onbekende buitenaardse groep de aarde heeft gekoloniseerd en mensen er moeite mee hebben om terug te vechten.