Zeven jaar na de vernietiging van de Aarde door een oorlog hangt de toekomst van de mensheid af van de bemanning van een ruimteschip. De overlevenden sturen een vloot naar diverse plaatsen in de Melkweg om zo een nieuwe wereld te vinden. Na een reis van 7 jaar nadert de Pegasus hun bestemming maar stuiten op een verlaten schip. Spoedig beseffen ze dat ze niet alleen zijn, ze moeten vechten voor zichzelf en het voortbestaan de mensheid.
De film speelt zich af in een alternatief universum tijdens de Edo-periode. Amanto, buitenaardse wezens, vallen de Aarde aan. Tien jaar lang bevecht de mensheid deze wezens. Het Shogunaat ziet de macht van de wezens en besluit zich over te geven.
Een teruggetrokken samenzweringstheoreticus werft mensen aan uit zijn dorp om samen een lowbudgetfilm te draaien. Deze zal gaan over zijn ervaringen met aliens. Deze ontmoet hij, wanneer hij werkt als geoloog voor de Amerikaanse regering.
Het is het jaar 2030. De opwarming van de aarde heeft ervoor gezorgd dat delen van het Amerikaanse Midwesten zijn veranderd in een woestijn. In een poging grip te krijgen op de economische recessie stuurt een overheidsinstelling genaamd The Humanity Bureau onproductieve mensen naar een kolonie die bekend staat als New Eden.
Conflicten en spanning zijn goed merkbaar in de restanten van een ver, post-apocalyptische wereld. De laatste op natuurlijke wijze geboren mensen worden onderdrukt door genetisch verbeterde mensen, waardoor ze geen andere keuze hebben dan hun regels te volgen. Het enige alternatief is om te zwerven in de uitgestrekte woesternij rond de laatst bewoonbare stad, terwijl je meedogenloos opgejaagd word door een zwervende groep gemuteerde monsters. Ondertussen, buiten de torenhoge muren van de burcht, in een grote leger tank, onstaat er tussen de normale mensen bemanning een opstand. Hun hoop ligt in de handen van de legende van de Repulbiek EZO: waarvan word gezegd dat hij terug zou keren naar het laatste sterrenschip...
Ondanks al zijn inspanningen om een oorlog te vermijden, is Caesar alsnog in een onvermijdelijke strijd geraakt met de mensen. Caesar moet tot het uiterste gaan, terwijl hij geplaagd wordt door herinneringen aan zijn voormalige vriend en verrader Koba.