De intelligente robot F.R.E.D.I. wordt uit een geheim onderzoeksfaciliteit gestolen door het hoofd van het project, de wetenschapper Dr. Palmer. Noodgedwongen moet hij F.R.E.D.I. achterlaten in een bos waar het wordt gevonden door de vijftienjarige James.
Een deeltjes fysicus rouwend over het verlies van haar man in een auto-ongeluk maakt gebruik van een revolutionaire machine om hem terug te brengen, met ernstige gevolgen voor haar familie.
In de nabije toekomst kent onze wereld geen privacy, onwetendheid en anonimiteit. De levens die men leidt zijn doorzichtig, traceerbaar en uitgestippeld door de autoriteiten. Vooralsnog lijkt er een eind gekomen te zijn aan de criminaliteit. Sal Frieland ontdekt dat een jonge vrouw geen digitale voetafdruk heeft en compleet onzichtbaar is voor de politie.
Een mysterieuze oppas krijgt de opdracht voor de twee jonge kinderen Noa en Michael te zorgen. Noa heeft echter het vermoeden dat de babysitter een kwaadaardige toverfee is en deelt haar verhaal met iedereen die naar haar wil luisteren.
Burt Gummer en zijn zoon Travis Welker begeven zich naar Canada om er dodelijke aanvallen - die gepleegd worden door reusachtige wormen - te onderzoeken. De twee komen aan in de onderzoeksfaciliteit en doen er een vreemde ontdekking.
Lelouch alias Zero staat met zijn rug tegen de muur: niet alleen is zijn kleine zusje Nunnally, die alles voor hem betekent, ontvoerd en zijn voormalige beste vriend Suzaku negeert al zijn hulpkreten, ook de Orde van de Zwarte Ridders lijkt te zijn langzaam het vertrouwen in hun leider verliezen. Lelouchs hoop om zijn vader, de keizer, omver te werpen, vervaagt. De enige optie die hem rest in dit alles-of-niets-politieke schaakspel is het verslaan van het imperium dat hij van binnenuit haat. Maar in deze laatste beslissende strijd zal hij niet alleen het hoofd moeten bieden aan zijn tirannieke vader, maar ook aan zijn moeder, waarvan men dacht dat ze dood was, en Nunnally, die zich heeft afgekeerd van Lelouch...