In de winter van 2117 botst een op hol geslagen voertuig tegen het gebouw van het Public Safety Bureau. De chauffeur wordt geïdentificeerd als Izumi Yasaka, een psychologisch adviseur bij het Sanctuary, een latente criminele isolatiefaciliteit in de prefectuur Aomori. Maar vlak voor haar verhoor krijgen inspecteur Mika Shimotsuki en handhaver Nobuchika Ginoza de taak om Yasaka onmiddellijk terug naar Aomori te begeleiden. Wat hen daar te wachten staat, is een vals paradijs.
Twintig jaar na de gebeurtenissen van Iron Sky, is de voormalige nazibasis op de maan een laatste toevluchtsoord geworden voor de mensheid. De aarde is verwoest door een nucleaire oorlog maar diep onder de woestenij ligt een macht die de mensheid kan redden, of voor eens en voor altijd kan vernietigen.
De crisis van Genesis Crystal staat voor de deur en Evan begint aan het gekke aftellen om de wereld te ruïneren. Ultraman moet zijn capaciteiten maximaliseren om te voorkomen dat de aarde wordt vernietigd. Hij kiest een kleine jongen als zijn vertegenwoordiger in de wereld en verdwijnt al snel, waarbij hij een magische kubus achterlaat om hem aan te moedigen en te hopen dat dit zijn sterke macht zal helpen motiveren. Iedereen probeert op alle mogelijke manieren de magische kubus te openen. Dr. J ontdekt zelfs dat de scheet van de kleine jongen de sleutel is tot het opzetten van een reeks lachwekkende, door scheten veroorzaakte experimenten om het geheim te achterhalen.