Een team van zeven onderzoekers heeft software ontwikkeld die in staat is om fysieke gebeurtenissen te voorspellen. De laatste test, de voorspelling van het exacte aantal fragmenten bij een val van een glas, was een succes.
2112; de zomer voordat Akane Tsunemori werd toegewezen aan Divisie Eén van de afdeling Recherche van het Openbaar Veiligheidsbureau. Teppei Sugo, een ervaren piloot van de 15e Integrated Task Force van het Defensieleger, sluit zich aan bij de militaire operatie in Okinawa. Drie maanden later opent een onbemande gevechtsdrone het vuur op het Ministerie van Defensie in Tokio. Handhaver Tomomi Masaoka van CID Division One wordt naar de militaire basis van Sugo gestuurd om de waarheid achter deze zaak te onderzoeken.
De studente Tree Gelbman heeft na vele mislukte pogingen haar moordenaar gevonden en haar verjaardag overleefd. Samen met haar vriend Carter probeert ze de draad van haar leven weer op te pakken.
Dit nieuwe project werd uitgevoerd om 10 jaar Code Geass-saga te vieren. Het verhaal volgt de plot van de samenvattingsfilms en negeert daarom bepaalde aspecten van de serie die daar niet zijn getranscribeerd. Het verhaal begint een paar maanden na de dood van Lelouch, in een wereld die eindelijk vrede heeft. In ieder geval qua uiterlijk. Tijdens een diplomatiek bezoek aan Zilkistan, een woestijnkoninkrijk, worden Zero en Nunnally plotseling aangevallen en ontvoerd.