Een tienermeisje wordt ondergronds opgevoed door een robot, Mother, die ontworpen werd om de aarde na vernietiging weer van mensen te voorzien. Hun unieke band wordt onder druk gezet wanneer een vreemde vrouw aangetroffen en opgenomen wordt door de tiener.
Jean Gray begint ongelooflijke krachten te ontwikkelen die haar doen veranderen in de kwaadaardige Dark Phoenix. Nu moeten de X-Men beslissen of het leven van één teamlid meer waard is dan alle mensen die op de wereld wonen.