De nieuwe vijanden, Nahane en Ohanefu, verschijnen samen met de mysterieuze nieuwe gigantische monsterlijke wezens vanuit de ruimte om de aarde over te nemen! De sleutel tot deze evenementen is Shinkalion ALFA-X, dat in het geheim werd ontwikkeld door het Ultra Evolution Institute...!? Voor Hayato en Team Shinkalion, die in vrede leefden, begint de strijd opnieuw.
Als je de kans zou krijgen om voor altijd te leven, zou je die dan grijpen? Een man die de dood wil overwinnen, leert het geheim van onsterfelijkheid kennen, maar krijgt spijt van zijn beslissing als hij ontdekt dat uiteindelijk alles sterft - alles behalve hij.
Het turbulente tijdperk dat bekend staat als de Universele Eeuw is voorbij. Nu kijkt de mensheid uit naar welvaart en vrede in het nieuwe tijdperk dat bekend staat als de Regild Century (R.C.). Een van de belangrijkste hulpbronnen in dit tijdperk is de Capital Tower - een ruimtelift die boven het land uittorent en de aarde met de ruimte verbindt. Het doel ervan is het transporteren van de fotonenbatterijen waarvan de aarde afhankelijk is voor haar energie. Het wordt aanbeden als een heilige plaats. De jonge Capital Guard-cadet Bellri Zenam, die de toren moet beschermen, wordt op een dag tijdens een oefenmissie aangevallen door een krachtig G-Self Mobile Suit. Ondanks dat hij de G-Self nog nooit eerder is tegengekomen, voelt hij een vreemde band ermee en zijn piloot, een ruimtepiraat genaamd Aida Surugan. Bellri weet niet dat hij op het punt staat waarheden te ontdekken die de hele Regild Century zullen doen schudden. Gaan! Core Fighter is de eerste van vijf films.
In de verre toekomst van de mensheid zijn twee interstellaire staten – het monarchale Galactische Rijk en de democratische Free Planets Alliance – verwikkeld in een nooit eindigende oorlog. Het verhaal concentreert zich op de heldendaden van rivalen Reinhard von Müsel en Yang Wen Li terwijl ze aan de macht en bekendheid komen in het Galactic Empire en de Free Planets Alliance.