Er is meer dan een maand verstreken sinds 10.000 gebruikers vastzaten in de wereld van 'Sword Art Online'. Asuna, die de eerste verdieping van het drijvende ijzeren kasteel van Aincrad had leeggemaakt, sloot zich aan bij Kirito en vervolgde haar reis om de bovenste verdieping te bereiken. Met de steun van de vrouwelijke informatiemakelaar Argo leek het opruimen van de vloer soepel te verlopen, maar er breekt een conflict uit tussen twee grote gilden die zouden moeten samenwerken: de top spelers groepen ALS (de Aincrad Liberation Squad) en DKB (de Dragon Knights Brigade). . En ondertussen bestaat er achter de schermen een mysterieuze figuur die aan de touwtjes trekt...
Lisa's broer, dokter Joe, ontwikkelt een drankje om naar andere dimensies te reizen. Ze gaan op zoek naar hun zus Nina, die ze verloren door hun eigen dementie. Ze moeten echter voorzichtig zijn, omdat ze niets mogen veranderen in alternatieve werelden. Wanneer Lisa alles op het spel zet om Nina naar hun wereld te halen, dreigt alles in te storten.
Duizenden jaren geleden kreeg een man magische krachten toebedeeld van tovenaar Shazam. Nadat de man zijn gaven voor kwaadaardige doeleinden gebruikte, werd hij eeuwenlang gevangen gezet. Nu staat hij op het punt eindelijk vrij te komen.
Op zijn verjaardag leert de elfjarige Jonathan Kent dat zijn vader Superman is en dat hij zelf latente superkrachten heeft. Kort daarop ontmoet hij de legendarische Batman en diens zoon en handlanger Damian Wayne. Jonathan, half Kryptoniaan, dompelt vervolgens onder in de gecompliceerde wereld van superhelden en -slechteriken als ze worden aangevallen door de kwaadaardige en buitenaardse Starro. In een race tegen de klok zal Jonathan zijn krachten moeten bundelen met Damian om hun vaders en de planeet te redden.