De 31-jarige Naoko (Mitsu Dan) leidt een dubbelleven. Gedurende haar middelbare schooltijd werd Naoko ontvoerd, gevangen gehouden en een maand lang seksueel misbruikt door een man uit de buurt, voordat ze er eindelijk in slaagde te ontsnappen door hem te vermoorden. Hoewel ze het uiteindelijk heeft overleefd, is Naoko zwaar getraumatiseerd door deze verschrikkelijke ervaring uit haar jeugd. Als volwassene werkt ze overdag als gynaecoloog en 's nachts als professionele "SM-club masochist"...
De zeventienjarige Daniel leert tijdens een internetchat de even oude Elli kennen. Beiden zijn heel enthousiast over geocaching, een soort van elektronische schattenjacht, waarbij men puzzels moet oplossen en met de hulp van een GPS-apparaat de coördinaten vindt die de weg tonen naar een soort 'schat'. Voor hun eerste speurtocht brengt Daniel zijn vriend Thomas mee. Elli heeft haar vriendin Jessica aan haar zijde. Hun schattentocht voert de tieners door het Pfälzer-woud. Daniël slaagt er tijdens de expeditie in om de interesse van Elli op te wekken, terwijl Jessica plezier heeft in de atletische Thomas. Maar de idyllische herfstdag komt tot een abrupt einde, wanneer een mysterieuze man in een stralingspak verschijnt. Aan zijn waarschuwingen tegen een onzichtbaar gevaar in dit deel van het bos, hechten de vier geen geloof. Maar als Jessica plotseling verdwijnt, verandert dat de situatie.
Het anders zo rustige en vredige dorpje Three Pines wordt opgeschrikt door de brute moord op een vrouw. Hoofdinspecteur Armand Gamache (Nathaniel Parker) en zijn team trekken naar de plaats delict om de zaak te onderzoeken. De duistere geheimen die ze beetje bij beetje ontdekken, tarten elke verbeelding.
Ataru, die lijdt aan het ‘savantsyndroom’, heeft de macht om onopgeloste gevallen op microscopisch niveau te ontdekken, te observeren, te doorzien en af te leiden. Waarom gaat hij altijd naar de criminele sites? Wat verklaart zijn vreemde gedrag? Ondertussen ontvouwt zich een mysterie met Ataru en een vrouw genaamd Madoka, die een moordenaar is. De vrouw beschikt over hetzelfde buitengewone geheugen en hetzelfde deductieve redeneervermogen als Ataru. Wie is zij?