Wat begon als een eenvoudige tombe, werd in de loop van een geschiedenis van 2000 jaar de universele zetel van het christendom en is vandaag de dag een van de meest bezochte musea ter wereld met onschatbare collecties kunst, manuscripten en kaarten. Door gebruik te maken van spectaculaire 3D-modellering en CGI om kijkers als nooit tevoren een goed inzicht te geven in de geschiedenis van dit architecturale meesterwerk en zijn uitbreidingen, zal de film ook animatie gebruiken om relevante historische gebeurtenissen te vertellen. Deze erfgoedsite onthult nieuwe, onvertelde geheimen met de hulp van historici die de rijke archieven en manuscriptencollectie van het Vaticaan ontcijferden en de restauraties aan het werk (nieuw ontdekte fresco's van Raphael) en recente opgravingen volgden. Een verhaal waarin religie, politiek, kunst en wetenschap elkaar ontmoeten om religieus gezag te laten gelden en als spirituele maatstaf te dienen.
Om uit de outback te ontsnappen, komt een jonge Afghaanse kameeldrijver in aanraking met een mysterieuze bosjesman die op de vlucht is met gestolen goud.
De nazi-vernietigingskampen in Auschwitz in Polen werden vanuit de lucht buitengewoon gedetailleerd gefotografeerd. Door emotionele herinneringen van degenen die het kamp hebben meegemaakt te combineren met een bijna forensische analyse van het schokkende genocideproces, roept deze film op een uniek meeslepende manier details op van de gruwel van Europa's donkerste uur.
De Caldea-organisatie stuurt Ritsuka Fujimaru, Mash en Da Vinci om te onderzoeken wat vermoedelijk de heilige stad Jeruzalem is. Daar ontdekken ze dat deze stad is vervangen door Camelot, geleid door Arturia Pendragon en haar Ridders van de Ronde Tafel. De stad opent haar deuren voor zeldzame uitverkorenen die door de ridders zijn aangewezen, maar achter de muren verbergt zich een vreselijke waarheid. Onderweg ontmoeten ze Bedivere die zijn koning probeert te vinden, de tegengestelde factie van de farao's onder leiding van Ozymandias en Nitocris en verzetsstrijders onder leiding van Arash en de Hassans, die een einde proberen te maken aan het juk van Camelot.