Nu de X-Men succesvol het verleden veranderd hebben en een veilige toekomst voor de mutanten hebben bereikt, keert uit de duisternis de eerste mutant terug: Apocalypse. Deze mutant, ook wel En Sabah Nur genaamd, ziet de hedendaagse mutanten als zwak.
Izzie wordt voortdurend gepest door andere vissen in het aquarium. Haar vader Harold probeert haar zoveel mogelijk te beschermen en wil vooral voorkomen dat zijn dochter hetzelfde lot ondergaat als zijn vrouw. Zij werd uit het aquarium gevist en in de oceaan gedropt. Helaas ondergaat Izzie hetzelfde lot als haar mama, maar Harold kan nog net meeglippen in het net. Ze maken nieuwe vrienden die hen met veel plezier helpen op hun zoektocht naar elkaar, maar her en der zijn er ook minder vriendelijke onderwaterbewoners.
Wanneer een team van onwaarschijnlijke helden een stoom strijd wagen kaapt, steelt een gedurfde jonge tovenaar (Marek) het laatste stukje van de almachtige Darkspore en begint aan een wanhopige zoektocht om de vervloekte artefact aan de goden in bewaring te geven; maar wanneer ze worden gevangen in een doodstrijdtussen een meedogenloos team van elite huurlingen en een drie-eenheid van demonen, moet Marek leren om in zichzelf te geloven voordat haar vrienden worden gedood en de Darkspore verloren is, om de kwade necromancer (Szorlok) te weerhouden om de Darkspore te verenigen en de levende wereld te overspoelen met zijn legioenen van ondode.
Bird Island is een ongerept paradijs dat bewoond wordt door naïeve, onschuldige vogels die geen weet hebben van de buitenwereld. Ze koesteren hun eieren en, op een paar na, leven ze een zorgeloos en ongedwongen leven. Wanneer Red een aantal keer zijn kalmte heeft verloren wordt hij op een cursus woedebeheersing gestuurd, onder leiding van Mathilda. Daarnaast zijn er de razendsnelle Chuck en Bomb, een vogel die lijdt aan een stoornis waardoor hij regelmatig ontploft en daarom in een schuilkelder woont. Wanneer een stel varkens het eiland bezoekt raken ze bevriend met elkaar. Red vertrouwt de varkens echter voor geen cent.