Murder at the Presidio is gebaseerd op het ware verhaal over de enige moord die ooit heeft plaatsgevonden op The Presidio, de oudste en meest geëerde militaire basis van Amerika. Als de vrouw van een sergeant wordt doodgestoken in haar huis, wordt de misdaad door het leger snel en doeltreffend opgelost. Maar commandant James Chandler (Lou Diamond Phillips) van Interne Zaken gelooft de officiële verklaring over de gebeurtenissen niet en start onofficieel zijn eigen onderzoek. Het slachtoffer lijkt toevallig gekozen te zijn, de lijst van verdachten is lang en het onderzoek leidt tot een ontknoping die niemand had kunnen voorspellen. Tijdens het onderzoek maakt James zoveel vijanden en graaft hij zo diep door dat hij moet oppassen dat hij niet zijn eigen graf aan het graven is...
Een blinde vrouw wordt opnieuw het doelwit van een aanvaller nadat de persoon die oorspronkelijk veroordeeld was voor haar verkrachting onschuldig blijkt te zijn aan het misdrijf.
De goedbedoelende moeder van de zwangere zestienjarige Jacey dwingt haar de geboorte geheim te houden en besluit de baby op te voeden als haar eigen baby.
Jesse Stone is een voormalig rechercheur moordzaken uit LA, die de grote stad heeft ingeruild voor een baantje als politiecommandant in een rustig vissersdorpje in New England. Stone heeft zijn oude gewoontes niet achtergelaten en doet zich nog steeds te goed aan zijn twee favoriete dingen: Scotch whisky en vrouwen. Wanneer er een reeks moorden wordt gepleegd en een schoolmeisje wordt verkracht, wordt Stone gedwongen een aantal van zijn eigen demonen onder ogen te zien, voordat hij de misdaden kan oplossen.