Alfred Jodocus Kwak wordt geboren als zoon van Johan Sebastiaan Kwak en Anna van de Polder. Vlak na zijn geboorte verliest Alfred zijn ouders en zijn broertjes en zusjes, die worden overreden door een grote auto, wanneer zij vanwege projectontwikkeling de polder waarin zij leefden hebben moeten ontvluchten. Henk de Mol, een goede vriend van de familie Kwak, ontfermt zich over de kleine, gele eend. Onder toezicht van zijn adoptie vader groeit Alfred op in een woonklomp in Groot Waterland. Daarbij beleeft hij een groot aantal avonturen.
Om zijn moeder te redden, maken een goedhartige jongen en zijn speciale vriendje een reis door het post-apocalyptische Japan. Maar de duistere krachten komen dichterbij.
Op 10-jarige leeftijd herinnert Adele von Ascham, de oudste dochter van de burggraaf, zich een gebeurtenis uit het verleden, die haar vreselijke hoofdpijn veroorzaakte. In haar vorige leven heette ze Misato Kurihara, een 18-jarig meisje, dat haar leven verloor toen ze probeerde iemand te redden en God ontmoette...
Zwaardsmid Amon komt per ongeluk een baby en zijn overleden moeder tegen in het bos. Hoewel hij aanvankelijk overweldigd is door de situatie, besluit hij uiteindelijk de jongen mee te nemen en hem zo van een wisse dood te redden. Tien jaar na deze noodlottige ontmoeting gaat de jongen uit die tijd, Gai, in de leer bij Amon. Tijdens het maken van een zwaard gebeurt er echter een tragisch ongeval waarbij Gai zijn rechterarm verliest. Amon besluit vervolgens een zwaard genaamd Shiryuu te gebruiken om een kunstarm voor Gai te maken. Zo begint het…
'Hundred' - dat is het enige wapen dat de mysterieuze levensvorm 'Savage' ervan kan weerhouden de aarde te bezoeken. De hoofdpersoon, Kisaragi Hayato, wil met deze Honderd een Martial Arts Master worden. Hij slaagde erin de slagschipuniversiteit Little Garden binnen te komen. Maar... 'Ik wilde je zien, Hayato!!!' 'H-Hoe weet je mijn naam?' Bij de huisgenoot, Emil Crossford, die hem op de een of andere manier goed kent (?), krijgt Hayato een ongemakkelijk gevoel. Bovendien wordt hij vlak na de toegangsceremonie voor een duel gevraagd door de sterkste vechtsportmeester van de campus, 'Koningin' Claire Harvey...!? De ultieme academiestrijd begint hier!
Een mens heeft zich doodgewerkt, maar hij komt voor een beperkte tijd terug in de levende wereld in het aantrekkelijke lichaam van een andere man. Lee Haejoon is een perfecte man met een knappe uitstraling. Hij werkt als afdelingshoofd op de afdeling dameskleding van een warenhuis. Zijn lichaam is eigenlijk bezeten door de geest van Kim Youngsoo, die zich dood werkte. Ondertussen is Han Hongnan een mooie vrouw, maar haar geest is bezeten door een stoere kerel, Han Gitak. Tegelijkertijd is Shin Dahye een mooie huisvrouw, maar haar man sterft plotseling. Ze raakt verwikkeld in een driehoeksverhouding met Lee Haejoon en een veelbelovende winkelmedewerker Jeong Jihoon.
Sakurakouji Sakura is een meisje dat bescheiden en gracieus lijkt, maar in werkelijkheid bedreven is in vechtsporten. Nadat ze getuige is geweest van een jongen die mensen verbrandt met zijn blauwe vlam, schrikt ze als ze ziet dat dezelfde jongen een transferstudent is, Oogami Rei. Oogami is een codebreker, iemand die niet bestaat. Hij is een schijnbaar koelbloedige moordenaar die het principe van oog om oog volgt, om kwaad tegen kwaad te gebruiken. Ervan overtuigd dat doden niet juist is, probeert Sakurakouji hem tegen te houden en zijn ijzige hart binnen te dringen.
De VS legt in Korea een geheim project bloot, dus het wordt geschrapt. Tijdens de overhandiging van de sample gaat er iets mis. Directeur Choe wil de sample verbergen en Paul is ernaar op zoek. Ze komen op dezelfde plek uit als Jagyeong en Lim Sang. Wie krijgt de sample uiteindelijk te pakken?