Een kunstmatige intelligentie ontsnapt uit haar ruimteschip en verandert in een vrouwelijke geest en daagt twee Blade Runners uit voor een galactische achtervolging.
Op zoek naar de wereldberoemde goochelaar en familievriend Mamoru Hoshisato gaat de jongen Makoto Shiranui naar Tokio. Hij wil dat hij hem als leerling onder zijn hoede neemt. Sinds hij een show van Mamoru en zijn vrouw zag, droomde hij ervan een goochelaar te worden. Haar dochter Kana - bijgenaamd Hatena - is een jeugdvriendin van Makoto. Hoewel er in Tokio een reeks inbraken is gepleegd door een mooie dief, vindt Makoto gemakkelijk vrede in de aanwezigheid van Hatena. Wanneer hij aankomt bij de Hoshisato-residentie, een spookvilla, begroeten de butler Jeeves en de meid Emma hem en wordt hij herenigd met Hatena. Het blijkt echter dat de twee niet meer zo goed met elkaar overweg kunnen als vroeger.
De New Generation Ultras werken samen om de League of Darkness te bestrijden, een kwaadaardige organisatie onder leiding van Ultra Dark-Killer, bestaande uit een selectie vijanden die eerder door de Ultras werden bevochten, samen met kwaadaardige klonen van bestaande Ultras.