Merc Storia speelt zich af in een wereld waar mensen en monsters naast elkaar bestaan. De hoofdpersoon, Yuu, is een leerling-genezer en bezit het vermogen om monsters te temmen. In een zoektocht om de herinneringen aan Merc, een meisje dat opgesloten zit in een fles, terug te krijgen, begint het paar aan een reis.
Terwijl de naties van de wereld beginnen te fuseren, wordt de wereldvrede bedreigd door de particuliere legers van individuele bedrijven. De Kuryu Group heeft zojuist een wapen ontdekt dat de wereldmacht in hun voordeel zal doen kantelen. De Genocyber: een nachtmerrieachtige combinatie van cybernetica en paranormaal potentieel. Velen willen dit gedrocht onder controle houden, maar kan de haat ervan worden ingedamd? De strijd barst los en de cyber punk wereld van de toekomst staat op het punt te ontploffen van geweld.
Nie Li, een van de sterkste spiritisten van zijn tijd, stond aan de top van de krijgswereld. Hij verloor echter zijn leven tijdens de strijd tegen de wijze keizer. Na zijn dood ging zijn ziel op mysterieuze wijze terug in de tijd, naar toen hij nog maar 13 jaar oud was.
Hoewel hij de zwakste van zijn klas was en geen natuurlijk talent had, kont hij met behulp van de enorme kennis die hij in zijn vorige leven had vergaard, sneller trainen dan wie dan ook.