Desmond Jordan, avonturier en archeoloog start in de Sahara woestijn een ogenschijnlijk eenvoudige zoektocht naar de mysterieuze 'Pratende Berg' en legendarische bijbehorende schatten. Maar de woestijn is verraderlijker dan hij op het eerste oog lijkt. Een aantal afvallige soldaten van het Franse vreemdelingen legioen en woestijn piraten proberen de zoektocht van Desmond Jordan te belemmeren.
Vijf jaar geleden, tijdens een gevecht met een buitenaardse strijdmacht, ontmoette piloot Goh Saruwatari Anna Aoi voor het eerst. Vandaag, op de dag van hun huwelijk, wordt de ceremonie onderbroken wanneer de aliens opnieuw toeslaan.
In de wereld van de 13-jarige Aoba Tsuzaki lijkt alles normaal. Ze is een over-the-top modellenfanaat en brengt haar dagen door opgesloten in haar kamer, waar ze met veel plezier plastic robots bouwt. Maar onder de oppervlakte dreigt een kwade vijand van de mensheid (de Ancient Jinki) de aarde te vernietigen.
In de hoofdstad Tokio wordt aan het begin van de 20e eeuw een geestelijke strijd gevoerd. In 1908 ondergaat Japan een enorm proces van industriële renovatie onder invloed van radicale westerse idealen. Technologie en politiek verleggen de nadruk van het land steeds meer weg van de tradities uit het verleden, waarbij Tokio het belangrijkste centrum van deze radicale beweging is. Tegelijkertijd is Yasumasa Hirai, een Onmyoji van de familie Tsuchimikado, van Kyoto naar Tokio geroepen om deel te nemen aan een geheime bijeenkomst over plannen om van Tokio de meest commerciële en gezegende stad van heel Japan te maken. Tegenstander van Hirai is Yasunori Kato, een kwaadaardige Onmyoji wiens enige verlangen de volledige vernietiging van Tokio is. Yasumasa Hirai en Kato Yasunori ontmoeten elkaar en vechten voor de toekomst van Tokio en het Japanse rijk.
In een toekomst wordt de aarde gedecimeerd na de ontdekking van een mysterieus, buitenaards ruimtevaartuig genaamd 'Orphan'. Een groep onderzoekers doorzoekt de planeet op zoek naar de schijfplaten van Orphan met behulp van een mecha genaamd 'Antibodies' om het vaartuig nieuw leven in te blazen, een gebeurtenis die zou resulteren in de totale vernietiging van alle levensvormen op aarde. De hoofdrolspelers Yu Isami en Hime Utsumiya moeten een speciaal antilichaam genaamd 'Brain Powerd' gebruiken om de Orphan plannen tegen te gaan en de mensheid te redden.
Wendy en haar twee kleine broertjes worden naar Neverland geleid door Peter Pan, een kind dat voorbestemd is om nooit volwassen te worden. In het mysterieuze Neverland zullen de drie volgende Peter en de verloren kinderen vele avonturen beleven. Op deze plek zullen ze feeën, indianen, zeemeerminnen en de angstaanjagende piraten ontmoeten. Wendy, verantwoordelijk en ijverig, zal voor iedereen de rol van moeder spelen en in de tussentijd zal iedereen samen de dreiging van Kapitein Hook en zijn bemanning bestrijden.