Het is de juiste eeuw, twee millennia na een verwoestend conflict dat de wereld gebroken achterliet. De aarde is nu grotendeels onbewoonbaar, en dus heeft een overblijfsel van de mensheid op de maan gewoond terwijl de aarde en haar weinige overlevenden zich herstellen.
Tijdens het zomerfestival vijf jaar geleden ontmoetten twee meisjes elkaar bij een mysterieuze boom en zagen twee gloeiende bollen. Nu, deze twee meisjes - Saki Hyuga, topwerper in het softbalteam van de school; en Mai Mishou, die liever schetst dan sterren kijken, worden door de geesten van bloemen (Flappy) en vogels (Choppy) gekozen om de zeven fonteinen te herstellen en hun werelden te redden van de donkere herfst. Samen vormen ze de NIEUWE Pretty Cure.
Kurozuka is een verhaal over obsessieve liefde en voortdurende achtervolging, verteld over een periode van 1000 jaar.
De reis concentreert zich op de hoofdpersoon Kurou, die een mooie vrouw ontmoet genaamd Kuromitsu en dit is het begin van een relatie die een normaal leven en herinneringen overstijgt. Een verhaal over twee onsterfelijke mensen en degenen die hen vervolgen. Het grootste deel van het verhaal speelt zich enkele eeuwen in de toekomst af, waar Kurou gescheiden wordt van Kuromitsu en, zonder herinneringen, op zoek is naar antwoorden op de vraag waarom hij niet kan sterven en wie de vrouw is op wie hij zo gefixeerd is.
Een kunststudent genaamd Jin Mikuriya snijdt een standbeeld uit het hout van de Kannagi-boom, waarna het standbeeld tot leven komt in de vorm van een godin, die het standbeeld nu heeft overgenomen. Hij en 'Nagi' werken samen om de onzuiverheden die zich in de stad verzamelen te vernietigen.
Het verhaal van de stoïcijnse Armored Trooper-piloot Chirico Cuvie en zijn zoektocht naar antwoorden na een plotseling verraad zorgt ervoor dat hij op de vlucht is voor zijn eigen leger.
Nadat hun ouders zijn vermoord, worden de jonge tweelingbroers Thor en Rai achtergelaten op Chimaera, een vijandige planeet waar criminelen naartoe worden gestuurd om te sterven. Met extreme temperaturen en vleesetende planten is het een meedogenloze wereld waarin de mensheid tot een woeste staat is teruggebracht. De enige hoop op ontsnapping ligt in het veroveren van de planeet en haar bewoners, en boven hen allen uitstijgen als de Beestkoning.