De actie begint in 1999 in Sint-Petersburg.De hoofdpersonen van de serie Igor Plakhov en Vasily Rogov zijn politieagenten, hun dienst houdt verband met de onthulling van zowel binnenlandse misdrijven als de strijd tegen de georganiseerde misdaad De plot van de serie heeft veel verborgen parodieën, herinneringen en citaten uit beroemde films en boeken ('White Sun of the Desert', de serie 'Columbo', 'Features of the National Hunt', werken over Sherlock Holmes en anderen).
Bristol, Engeland, 1717. Luitenant Robert Maynard van de Royal Navy verkent de zeeën om een veilige doorgang naar de vaarroutes te herstellen. Hij ontmoet zijn gelijke wanneer hij wordt meegenomen door een angstaanjagend gevaarte in West-Indië: een piraat die voor het eiland St. Vincent zeilt. Edward Teach heeft geen plannen voor zijn pensioen. In feite is zijn doel: het vinden en claimen van de legendarische schatten van Kapitein Kidd.
Arisu, Karube en Segawa, een drietal delinquenten op de middelbare school, zijn verveeld met hun huidige leven. Tijdens een vuurwerkfeest wenst Arisu dat hij in een andere wereld zou kunnen leven die voor hem spannender zou zijn. Als zodanig werd zijn wens ingewilligd en werden de drie getransporteerd naar een schijnbaar post-apocalyptisch-achtige parallelle wereld. Nadat ze een schijnbaar leeg festival zijn betreden, worden ze begroet door een vrouw die hen vertelt dat ze al 'in hun spel zijn beland'. Nadat ze het spel heeft uitgespeeld, onthult ze hen dat ze in Borderlands games moeten spelen om te overleven.
In de wereld van Hidan no Aria AA zijn er speciale studenten genaamd Butei die bevoegd zijn om wapens te dragen, misdaden te onderzoeken en verschillende incidenten op te lossen. Een van de beste van deze studenten is een tweedejaars S-rang aan de Tokyo Butei High School genaamd Aria Kanzaki. Aan de andere kant van de schaal staat het eerste jaar van de E-rang, genaamd Akari Mamiya.
Tijdens het begin van de 20e eeuw waren wetenschappers, samen met de technologische vooruitgang, in staat verfijnde magie te ontwikkelen. De combinatie van wetenschap en tovenarij was Makinot, circuits gemaakt van spreuken die in objecten werden gestopt om ze tot leven te brengen en zelfs een persoonlijkheid te krijgen. Het werd ontwikkeld als militair wapen en heeft zich nu over de hele wereld verspreid. Akabane Raishin gaat nu naar de Koninklijke Academie om de beste ter wereld te worden. Vergezeld door het lieve tienermeisje Yaya, die eigenlijk het poppenwapen van Raishin is, is hij van plan om naar de top van de klas te stijgen. Zijn testscores komen echter bijna op de laatste plaats, hoewel zijn gevechtsvaardigheden en vastberadenheid ongeëvenaard zijn. Als hij als koning uit de kast wil komen, moet Raishin concurreren met de dodelijkste klasgenoten.
Een geneticaprofessor experimenteert met een behandeling voor zijn comateuze zus die medische en sjamanistische geneeswijzen combineert, maar een schokkend neveneffect oplevert.
In de binnenstad van Antwerpen komt het leven van iedere dag plotseling tot stilstand, wanneer de buurt hermetisch wordt afgesloten van de buitenwereld. Oorzaak is een besmettelijk en dodelijk virus, dat zich als een lopend vuurtje verspreidt. Tientallen mensen worden op zichzelf aangewezen. Het allerbeste in hen komt naar boven, maar ook het allerslechtste...
Net als de originele serie draait 'SPEC' om een paar rechercheurs bij de politie als onderdeel van een speciale divisie die moeilijke zaken oplost . Touma Saya is een vrouw met een IQ van 201 en een onvermogen om 'de sfeer te lezen' in sociale situaties. Vanwege een eerder geval zit haar linkerarm in een mitella. Haar partner Sebumi Takeru was de sterartiest van de Metropolitan Police. Na een incident werd hij echter overgebracht naar Mishou. Deze twee sporen daders op met speciale vaardigheden (SPEC) die erin slaagden weg te komen met hun misdaden.