Lang geleden daalden drie heersers uit de hemel neer naar het land Mirisha. Volgens de legende gebruikten de drie vorsten hun krachten om de rust in deze landen te herstellen. Eén werd de zon en omhulde de wereld in haar helderheid. Een ander werd de maan en genas de wereld met zijn gloed. De laatste werd de zee en voedde de wereld met haar wateren. Er wordt voorspeld dat er een tijdperk van conflicten zal aanbreken.
'Als Mirisha in duisternis wordt gestort, moeten de zielen van de drie Soevereinen aan de Gundams worden toevertrouwd. Alleen geleid door het Heilige Zegel zullen ze het land zuiveren...' (Uit de G-archieven.) Deze periode van conflict zal bekend staan als het Tijdperk van de Drie Koninkrijken, en deze periode is aangebroken.
In jaar 14 van het Tenpo-tijdperk vallen Yoi, monsters uit een andere wereld Edo aan, degenen die tegen deze wezens vechten zijn leden van de Bansha Aratemesho. Bij iedereen staat Bansha Aratemsho bekend als een organisatie die buitenlandse boeken bestudeert, maar in werkelijkheid is het een organisatie die zich inzet voor de vernietiging van de Yoi. Deze krijgers heten Ayakashi, die informatie verzamelen over alle vreemde gebeurtenissen in het land, en worden gestuurd om de Yoi die verschijnen te vernietigen.
Om de terroristische organisatie die bekend staat als 'USR' te bestrijden, bundelen elf landen hun zeestrijdkrachten om de Peace-Keeping Navy te vormen. De hel breekt echter los wanneer admiraal Red en zijn USR-onderzeeër UX de openingsceremonie van de PKN neerstorten en het grootste deel van de vloot vernietigen. Als de UX op het laatste moment de genadeslag toebrengt aan het vliegdekschip Apollo-Norm, verschijnt uit het niets de verouderde Japanse onderzeeër 707 die zichzelf opoffert om het vlaggenschip van de PKN te redden. Zes maanden later wordt kapitein Youhei Hayami weer opgeroepen om leiding te geven aan een nieuwe groep rekruten en aanvoerder te zijn van een geheel nieuwe 707 in de oorlog tegen terrorisme onder water.