Greg Brynner, een internationale wapenhandelaar, sluit een deal met een van de leiders van de terroristen. Om Brynner gevangen te nemen en de terroristen te vernietigen, wordt een speciale groep onder bevel van majoor Andrei Rubtsov naar Syrië gestuurd. Als gevolg van een succesvolle operatie wordt Brynner gevangengenomen, maar het verraad van de 'bondgenoot' leidt tot de dood van de groep van Rubtsov, maar de majoor blijft in leven. Na een tijdje keert hij terug naar Rusland, maar herinnert zich niets. Olga Smirnova, een medewerkster van de internationale antiterroristische organisatie, helpt Rubtsova om zijn geheugen te herstellen en Brynner te vangen.
Katana Maidens: Mini Toji is een chibi-spin-off van de originele anime Toji no Miko. Naast de bekende personages rond Kanami en Hiyori uit de originele anime, bevat deze spin-off anime ook nieuwe personages uit de smartphonegame Toji no Miko: Kizamishi Issen no Tomoshibi. Deze keer ligt de focus niet op een epische strijd tegen de Aradama, maar op het dagelijkse leven van de meisjes tussen en na hun inspannende missies.