Wanneer de FBI een mysterieus gecodeerd document ontdekt, schakelen ze een van de beste cryptanalytici in: Wil Scott. Terwijl hij probeert het vaderschap en zijn werk in evenwicht te brengen, brengt wat hij ontcijfert zijn eigen leven in gevaar als hij zich realiseert dat het document een hitlijst is.
Het is het jaar 1940 en nazi-Duitsland bevindt zich op het hoogtepunt van zijn militaire macht: het heeft het grootste deel van Europa veroverd en kijkt naar de Sovjet-Unie in het oosten. Het Russische militaire commando vermoedt vijandige bedoelingen van Duitsland en zorgt er daarom voor dat zijn spionnen in de gelederen van het Duitse leger en de SS infiltreren.
Alexander Belov is een Russische spion die onder de alias Johann Weiss van Letland in handen van de Sovjet-Unie naar nazi-Duitsland reist. Zijn beheersing van de Duitse taal, stalen zenuwen en zijn vermogen om anderen te manipuleren, helpen hem zijn connecties bij de SS te gebruiken om de ladder van de Duitse inlichtingendienst te beklimmen.
Hij gebruikt zijn positie om sympathieke Duitsers te identificeren, die hem helpen essentiële inlichtingen te verkrijgen, en om lokale verzetsbewegingen te helpen in hun collectieve strijd tegen het nazisme.
Het verhaal speelt zich af in de Song-dynastie en aan het begin van de invasie van Noord-China door de door Jurchen geregeerde Jin-dynastie. Het eerste deel draait om de vriendschap van twee mannen, Yang Tiexin en Guo Xiaotian, die op zichzelf helden werden toen ze vochten tegen de Jin-indringers. De band tussen het duo is zo sterk dat ze elkaar beloven dat hun ongeboren kinderen ofwel beëdigde broers en zussen zullen worden (als ze allebei van hetzelfde geslacht zijn) of een getrouwd stel (als ze van het andere geslacht zijn).
Mensen hebben een Wall of Severance gecreëerd om zich af te scheiden van de beren, die gewelddadig werden en mensen aanvielen nadat een verre planeet die bekend staat als Kumalia vele jaren geleden explodeerde en veranderde in een meteorenregen die op aarde viel. Twee beren, Ginko Yurishiro en Lulu Yurigasaki, sluipen door de Wall of Severance en vermommen zichzelf als mensen, schrijven zich in voor de Arashigaoka Academy en tonen interesse in Kureha Tsubaki, een mensenmeisje dat beren veracht.
Het verhaal speelt zich af in een wijk van Tokio die in een enorme puinhoop is terechtgekomen. De focus van de actie ligt op de achtste eenheid van de Derde Mobiele Aanvalsdivisie van de vijfde Speciale Openbare Veiligheidssectie, kortweg 'De Achtste'. Ze gebruiken technische apparatuur die zich aanpast aan het lichaam om misdaden op te lossen en criminelen tegen te houden.
Federatietroepen en Zeon-troepen voeren een felle strijd in de Thunderbolt Sector in wat ooit Side 4 'Mua' was. De Thunderbolt Sector is een ondiepe zone die bestaat uit het puin van vernietigde ruimtekolonies, genoemd naar de elektrische ontladingen van het metaalpuin. MS-piloot Io Flemming behoort tot de Federatie-soldaten die naar het gebied worden gestuurd, waar Zeon-sluipschutter Daryl Lorenz hen op het slagveld opwacht.