Merc Storia speelt zich af in een wereld waar mensen en monsters naast elkaar bestaan. De hoofdpersoon, Yuu, is een leerling-genezer en bezit het vermogen om monsters te temmen. In een zoektocht om de herinneringen aan Merc, een meisje dat opgesloten zit in een fles, terug te krijgen, begint het paar aan een reis.
Het is het 25e jaar van het Taisho-tijdperk in het keizerlijke Tokio. Kuze Tsugumi, dochter van aristocraten, stemt ermee in te trouwen om haar familie te behoeden voor verval. Maar voordat ze ermee doorgaat, betrekt haar jongere broer Hitaki haar bij een incident dat wordt veroorzaakt door een 'maremono', een soort boek dat een grote invloed heeft op degene die het leest. Als gevolg hiervan krijgt Tsugumi de kracht om 'aura' te zien, een licht dat de emoties vertegenwoordigt die in een maremono leven. Dit is het verhaal van een vrouw wier lot op en neer lijkt te bewegen, alsof het op het delicate evenwicht van een weegschaal ligt.
De Earth Defense Club op Binan High School bestaat uit een groep jongens die niets anders doen dan lui zijn. Op een dag wanneer twee van de clubleden, Atsushi en En, een bad nemen in een badhuis, verschijnt er uit het niets een pratende roze Wombat die de twee jongens vraagt om te helpen de aarde te redden met de kracht van liefde. Helaas ziet de zoon van de badhuiseigenaar, Yumoto, de wombat en jaagt hem achterna terwijl hij zegt: 'Laat me je opschudden!'. De volgende dag ontmoeten de twee jongens en de andere twee clubleden, Io en Ryu, de roze wombat en plotseling verschijnen er armbanden die om de polsen van elk van de vier leden worden geklemd, evenals Yumoto (die toevallig in de buurt was). ) en ze worden omgevormd tot de Battle Lovers.
Himari’s 16e verjaardag zal er een zijn die ze nooit zal vergeten. Onverwachts ontvangt ze een testament waarin haar erfenis van een mysterieus landgoed wordt beschreven: het Momochi House. Ze arriveert alleen en ontdekt dat het huis is gebouwd op de grens tussen de menselijke wereld en het spirituele rijk. Daar ontmoet ze Yukari, Ise en een eigenaardige jongen genaamd Aoi, die een schimmig geheim lijkt te verbergen.