Tien jaar zijn verstreken sinds het einde van Bakumatsu, een tijdperk van oorlog waarin burgers in opstand kwamen tegen het Tokugawa-shogunaat. De revolutionairen wilden een tijd van vrede creëren, en een bloeiend land vrij van onderdrukking. Het nieuwe tijdperk van Meiji is aangebroken, maar de vrede is nog niet bereikt. Zwaarden zijn verboden, maar er worden nog steeds mensen op straat vermoord. Weeskinderen van oorlogsveteranen kunnen nergens heen, terwijl de regering tevreden lijkt te zijn met het vullen van hun zakken met geld.
Nadeshiko, een middelbare scholier die van Shizuoka naar Yamanashi was verhuisd, besluit de beroemde berg Fuji te bezoeken. Hoewel het haar lukt om helemaal naar Motosu te fietsen, moet ze vanwege het verslechterende weer terugkeren. Ze kan haar ogen niet op haar doel richten en valt flauw halverwege haar bestemming. Als ze wakker wordt, is het nacht, op een plek waar ze nog nooit eerder is geweest, zonder dat ze weet hoe ze thuis moet komen. Nadeshiko wordt gered als ze Rin tegenkomt, een meisje dat alleen aan het kamperen is. Dit verhaal begint met deze eerste ontmoeting tussen Nadeshiko en Rin.
Middelbare scholier Kanade Amakusa lijdt aan een vloek genaamd 'Absolute Choice', waardoor hij een actie moet selecteren uit een lijst met opties die willekeurig voor hem verschijnen. Helaas zijn de keuzes van Amakusa beperkt tot het vreemde en perverse, waardoor hij op school een soort sociale outcast wordt. Maar wanneer een plotselinge keuze op weg naar huis van school ervoor zorgt dat een mooi meisje uit de lucht valt, heeft Amakusa misschien de sleutel gevonden om zijn vloek voorgoed te verbreken!
Rakuro Hizutome geeft maar om één ding: het verslaan van waardeloze VR-games. Hij wijdt zijn hele leven aan deze buggy-spellen en zou ze allemaal in zijn slaap kunnen uitspelen. Op een dag besluit hij zichzelf uit te dagen en een populair god-tier spel te spelen genaamd Shangri-La Frontier. Maar hij leert al snel hoe moeilijk het is. Zullen zijn deskundige vaardigheden voldoende zijn om de verborgen geheimen te ontrafelen?
Sei, een 20-jarige kantoormedewerker, wordt meegenomen naar een hele nieuwe wereld. Helaas voor Sei bracht het ritueel waarbij ze werd opgeroepen – bedoeld om een 'heilige' voort te brengen die de duistere magie zou verbannen – twee mensen over in plaats van één. En iedereen geeft de voorkeur aan het tweede meisje boven Sei?! Maar dit vindt Sei prima, die het koninklijk paleis verlaat om een winkel op te zetten die drankjes en cosmetica maakt met haar hervonden magie. De zaken gaan goed, en dit is misschien toch niet zo'n slecht leven... zolang haar veronderstelde heiligheid haar niet blijft achtervolgen.
In de door misdaad geteisterde, door de maffia bestuurde stad Ergastulum zijn Worick en Nicolas twee ‘klusjesmannen’, bekend als ‘Benriya’, die elk vuil klusje van de politie of de maffia overnemen – voor een goede prijs. Na een opdracht van de politie ontmoetten de twee elkaar en later vergezeld door Alex, een voormalige prostituee die geïnteresseerd raakte in de mysterieuze achtergrond van het team, in het bijzonder in de capaciteiten van Nicolas.
Wanneer de vijftienjarige Kaho Nikaidou haar beschermde huis verlaat om een nieuw leven te beginnen in een slaapzaal op een middelbare school in Tokio, is het laatste wat ze verwacht bijna aangereden te worden door een vrachtwagen! Kaho wordt op het nippertje gered door een knappe vreemdeling, wordt verliefd op hem en, nadat ze hem eindelijk heeft opgespoord, bekent ze stoutmoedig haar gevoelens. Het blijkt dat Kaho's mysterieuze redder, Kanade, de zoon is van Kaho's nieuwe huisbaas! Het knappe voorwerp van Kaho's genegenheid stemt ermee in om met haar uit te gaan, maar haar nieuwe gelukzaligheid is van korte duur als blijkt dat haar nieuwe vriendje... een leerling uit de vijfde klas is?!
Een anonieme clan woont in een groot landhuis, vermomd als edelen. Hun verzorgers zijn levende poppen die hun dagen doorbrengen met het opruimen van het vuil dat de huurders achterlaten. Maar er speelt een dieper mysterie mee... en het geheim van het huis zal worden onthuld.