De film begint zes jaar na de serie. Alf is gevangen door de Alien Task Force en wordt nu vastgehouden in een geheime basis in de woestijn (gelijk aan Area 51). Het leger houdt hem nauw in de gaten. Wanneer blijkt dat het project zal worden gesloten, geeft kolonel Milfoil het bevel Alf te laten executeren. Twee medewerkers van het project, Dr. Rick Mullican en Dr. Melissa Hill, besluiten Alf te redden. Ze smokkelen hem de basis uit en nemen hem mee naar een paar collega-wetenschappers. Die willen Alf aan de hele wereld tonen.
Nadat een jongeman is ontwaakt uit een coma en niets meer weet van de nacht waarin zijn hele familie werd vermoord, probeert hij met zijn psychiater de waarheid te ontrafelen.
Lindsay wordt geconfronteerd met een levensveranderende beslissing nu Kerstmis nadert: blijf in haar kleine geboortestad en trouw met vriend Jason of accepteer een felbegeerde post als docent aan een Ivy League-universiteit aan de andere kant van het land. Wat moeten ze doen? Gelukkig voor Lindsay heeft ze grote hulp in de vorm van een magische boodschapper die haar drie jaar naar de toekomst kan vervoeren om te zien hoe het allemaal zou aflopen.
In 1981 ontdekken onderzoekers een mysterieuze, nieuwe ziekte, die naar het schijnt vooral homoseksuele mannen treft. Twee verschillende onderzoeks-teams (een Amerikaanse en een Franse) proberen het (wat later blijkt) HIV-virus te onderzoeken en een naam te geven.
Michel is een rustige vader die zijn dochter alleen opvoedt. Moedig en hardwerkend, hij is een van de belangrijkste figuren van het dorp: met een legendarisch goed karakter runt hij het enige bedrijf in de omgeving, een café-kruidenierswinkel, het zenuwcentrum van alle naburige steden. Voor iedereen is Michel een geweldige kerel. Tot de tragedie: zijn geliefde dochter sterft voor zijn ogen vermoord en het is het begin van de nachtmerrie die de dappere man overkomt. Van een ideale vader wordt Michel de ideale verdachte. Behalve in de ogen van zijn beste vriend Jeff, de dorpspastoor, wiens parochie tegenover het café staat. Hij werd 45 dagen gevangengezet na een haastig en belastend onderzoek door een gendarme die verblind was door haar vooroordelen, maar werd uiteindelijk zonder voldoende bewijs vrijgelaten. Maar de schade is aangericht en Michel slaagt er niet in zijn eer te herstellen.
Twee kleine elven raken veel brieven kwijt die bestemd zijn voor de Kerstman. Ze zijn allemaal geschreven door de bewoners van één stad. Het is nu aan het tweetal alle brieven te vinden, en deze op tijd te bezorgen bij de Kerstman.