Het verhaal speelt zich af in een buurt in Chicago. Het is bijna een decennium geleden dat een buitenaardse kracht het gebied heeft weten te bezetten. De film werpt een blik op de levens van beide partijen uit het conflict, de bondgenoten en de verzetsstrijders.
Fonda en haar vrienden gaan voor een paar dagen het bos in. Haar vrienden worden vermoord door een misvormde kannibaal, die in dit bos woont, genaamd Three Finger. Natuurlijk eet hij hen vervolgens op. Fonda zit nu in haar eentje in het bos, maar niet voor lang. Ondertussen worden er een aantal gevaarlijke gevangenen getransporteerd door Nate Warden, een gevangenisbewaarder. Dit is zijn laatste dag, hij wordt na deze klus advocaat.
De maniak Jason is terug, angstaanjagender dan ooit! Met zijn mes in de aanslag zaait hij weer dood en verderf in Chrystal Lake. De macabere stemming begint wanneer de jonge Tommy Jarvis het graf van Jason gaat onderzoeken om zich ervan te overtuigen dat Jason echt dood is. Een fatale fout, die Tommy duur komt te staan.
Banlieue 13, vier jaar later. De regering is veranderd, maar de rest niet. De muur die zorgt voor isolatie, hoger en groter dan ooit, is verspreid over de getto's en bendes hebben hun invloed uitgebreid. De zaken zijn nu verdeeld over vijf verschillende etnische buurten, allen met een eigen krachtige leider.
Wanneer Jill Parrish (Amanda Seyfried) thuiskomt na een nachtdienst is het bed van haar zuster leeg. Ze is er zeker van dat de seriemoordenaar die haar twee jaar geleden ontvoerd heeft terug is gekomen om de klus af te maken. Maar de politie gelooft haar niet en ondertussen tikt de klok verder. Zonder enige hulp gaat Jill achter haar ontvoerder aan om haar zus te vinden en af te rekenen met de dader.
Kristy Earl, Ben Mitchell en Liz Hunter zijn drie vrienden, die besluiten te gaan backpacken in het Wolf Creek National Park in Australië. Maar de problemen beginnen als hun auto niet wil starten en ze dus niet weg kunnen komen. Dan maken ze kennis met de vriendelijke Mick Taylor, een man die in de buurt woont. Het lijkt erop dat Mick het drietal zal helpen en dat ze alsnog veilig thuis kunnen komen, maar niets is minder waar. De grote nachtmerrie voor het drietal is namelijk nog maar net begonnen.
Matt Lee Whitlock is een politie commissaris in het plaatsje Banyan Key, Florida. Hij onderzoekt daar een dubbele moord, en de verdenkingen richten zich op hem. Hij moet er alles aan doen om z'n collega's voor te blijven in het onderzoek, en zo de waarheid aan het licht te brengen.
Edward Wilson (Matt Damon) is een ijverige student aan de universiteit van Yale. Daar wordt hij gerekruteerd door het geheime genootschap Skull and Bones, een kweekvijver voor toekomstige wereldleiders. Zijn scherpe geest, onkreukbare reputatie en zijn oprechte geloof in de Amerikaanse normen en waarden maken van Edward Wilson een uitstekende kandidaat voor een bloeiende carrière bij de overheid en hij wordt tijdens de Tweede Wereldoorlog overgeplaatst naar het OSS - de voorloper van de geheime dienst CIA. Als een van de grondleggers van de CIA, werkend in een organisatie waar je op je hoede moet zijn, wordt Wilsons idealisme al snel op de proef gesteld door een groeiend gevoel van onbehagen.
Na jarenlang uit elkaar te zijn gegroeid blazen twee tienermeisjes in een buitenwijk van Connecticut nieuw leven in hun onwaarschijnlijke vriendschap. Daarbij leren ze dat niemand van de twee is wie ze lijkt te zijn.
Cold Rock, Verenigde Staten. Door de jaren heen zijn er kinderen verdwenen zonder ook maar een aanwijziging of getuige. Bijgelovige inwoners praten over 'de lange man', een legendarische, mysterieuze figuur die kinderen meeneemt die vervolgens nooit meer gezien worden. Julia Denning, een verpleegster in Cold Rock, gelooft niet in die legende. Totdat ze op een nacht wakker wordt met een griezelig gevoel. Wanneer ze naar de slaapkamer van haar zoon gaat, ontdekt ze dat hij verdwenen is. Ze rent naar beneden en staat plots verstijfd: een grote en donkere gedaante staat in haar deuropening met haar zoon David in zijn handen...
Wanneer Air Force One wordt neergeschoten door terroristen strandt de president in de wildernis. De enige persoon die hem kan redden is een 13-jarige jongen genaamd Oskari. Oskari is in de bossen aan het jagen om zijn volwassenheid te bewijzen aan zijn verwanten. In plaats daarvan stuit hij op de machtigste man ter wereld. Met de terroristen op hun hielen moet het onwaarschijnlijke duo samen werken om te ontsnappen.
Een CIA onderzoeker, codenaam 'Condor', leest voor z'n werk de hele dag boeken om deze te screenen op nuttige/schadelijke informatie. Als hij op een gegeven dag terugkomt van lunch halen, zijn al zijn collega's vermoord.
Slim ontdekt dat haar droomechtgenoot niet degene is die hij leek te zijn, aangezien hij haar mishandelt. Ze probeert samen met haar dochter te vluchten maar hij blijft haar achtervolgen. Bang dat haar dochter iets zal overkomen ziet ze maar één uitweg: moord.
Een echtpaar wordt gegijzeld door vier agressieve misdadigers die een grote slag willen slaan. Er ontstaan echter complicaties die voortvloeien uit een reeks aan onverwachte ontdekkingen van verraad en bedrog.
Onder het ijzige oppervlak proberen de overlevenden van de Colony Seven het hoofd boven water te houden wanneer de voedselvoorraden slinken en de temperatuur verder daalt. Geplaagd door ziekte en interne conflicten vermoeden de kolonisten het ergste wanneer ze het contact verliezen met Colony Five, de enige andere bekende nederzetting. Monteur Sam voegt zich bij het team van Briggs voor een gevaarlijke expeditie om er achter te komen wat er is gebeurd. Na een helse tocht ontdekken ze een bedreiging die nog erger is dan ze gedacht hadden.
Sarah (Shauna Macdonald) weet te ontsnappen uit de verschrikkelijke grot waar de gebeurtenissen uit het eerste deel plaatsvonden. Een toevallige passant voert haar voor verzorging naar het dichtstbijzijnde ziekenhuis. Een lokaal reddingsteam brengt haar terug naar het grottenstelsel waar ze uit wist te ontsnappen in de hoop om met haar hulp een paar overlevenden te vinden. Eenmaal aangekomen worden ze geconfronteerd met dezelfde nachtmerrie als voorheen.
In het laatste jaar van WOII wordt plotseling de boerderij, waar de Joodse revue-ster Rachel Stein ondergedoken zit, gebombardeerd. Ze wordt opgevangen door een lokale zeiler, maar krijgt dezelfde avond nog bezoek van Van Gein.
John Hume, een lokale ondernemer in Boston, leidt een vredig en liefdevol leven met zijn gezin. Dit vredige bestaan wordt onderbroken wanneer zijn oudste zoon tijdens een overval op brute wijze wordt vermoord. Als de daders, leden van een drugsbende, ook nog eens onder hun straf uitkomen, neemt hij het recht in eigen handen.
Nadat rellen tijdens Black Friday uitlopen op een tragedie, slaat een mysterieuze, door Thanksgiving geïnspireerde moordenaar toe in Plymouth, Massachussetts, waar deze beruchte feestdag ontstaan is.
De creatieve en getalenteerde jonge vrouw Brynn Adams is vervreemd van haar gemeenschap. Eenzaam, maar altijd hoopvol, vindt Brynn troost binnen de muren van het huis waar ze is opgegroeid, tot ze op een nacht wordt gewekt door vreemde geluiden van onmiskenbaar buitenaardse indringers. Wat volgt is een actievolle confrontatie tussen Brynn en een groep buitenaardse wezens die haar toekomst bedreigen en haar dwingen om met haar verleden om te gaan.