Het jaar 2088: de Aarde is vervuild en bijna onbewoonbaar. De bemanning van het ruimteschip "Earth Star Voyager" is op weg naar de planeet "Demeter", de laatste bewoonbare plek in het universum. Maar de reis loopt niet zoals gepland.
The Daily Clarion huurt detectiveverhaalschrijver Steve Colt in om de dood te onderzoeken van een groep wetenschappers die werken aan een ontwikkelingsproject voor atoomraketten. Achter de moorden zit waarzegster Sombra, een spion uit een Aziatisch land die uit is op wereldheerschappij, die vastbesloten is de atoomraket te stelen door arbeiders van het project naar haar woonkamer te lokken en ze te doden met zwarte weduwe-spinnengif als ze weigeren mee te werken.
De paranormale schrijver Gideon Harlax raakt verwikkeld in een strijd tussen de krachten van het goede, vertegenwoordigd door de engel Helit, en het kwade, vertegenwoordigd door zijn verraderlijke broer Azrael. Terwijl hij met de veerboot van Oxford naar Denemarken reist, is Harlax getuige van een oude legende dat de aarde binnenkort vernietigd kan worden.
Het is een tijd van chaos. De aarde is niet meer wat het geweest is. Het is besmet met een insectachtige soort genaamd de Blue. Yuji Kaido, die een mysterieuze ziekte heeft, wordt in schijndood gebracht totdat er een remedie is gevonden. Wanneer hij wakker wordt, ontdekt Yuji dat het meer dan 20 jaar geleden is dat hij in schijndood werd gebracht en dat de wereld nu wordt beheerst door deze wezens. Hij sluit zich aan bij een groep soldaten die zijn uitgerust met krachtige mecha's om tegen de Blue te vechten voor hoop op een betere toekomst.