Neem de personages uit een aantal op sciencefiction gebaseerde animes, een podium dat lijkt op 'Wacky Races', super vervormde waanzin en algemene waanzin, en wat je krijgt is Scramble Wars. Hoewel Scramble Wars personages bevat uit de originele Bubblegum Crisis, Gall Force en Genesis Survivor Gaiarth, bevat het ook een paar andere personages uit andere animes zoals AD Police en Riding Bean.
Het jaar 2000. Marion Boxletter, die meende dat haar kind Joey en haar broer waren omgekomen, kan haar ogen niet geloven als zij met haar man Bob in New York is, en een man ziet, die haar broer kon zijn. Als ze hem aanspreekt, zegt hij haar niet te kennen. Marion en Bob vertrouwen het zaakje niet en gaan op eigen houtje speuren. Zij ontdekken bij Dr. Randolph en zijn medewerkers zaken, die het daglicht nog niet kunnen verdragen.