In een ver sterrenstelsel maken drie ontsnapte vrouwelijke gevangenen een noodlanding op een primitieve wereld die wordt bewoond door een ras van oorlogszuchtige apen. Ze vechten om te overleven zoals de mensapen vechten voor hun bezit, lichaam en ziel. Een gewaagde ontsnapping is hun enige uitweg. Op hun hielen zitten de bloeddorstige gorilla's en een gevangenisbewaker die vastbesloten is ze laten terug te keren naar het gevangenisschip waaruit ze zijn ontsnapt. Verraad, allianties en strijd wachten op de vechtende facties. Wie zal overleven op een planeet waar apen heersen en mensen alleen maar fokdieren zijn?
De stad Yūbari in de prefectuur Hokkaido is een spookstad geworden na de aanwezigheid van Shadow Moon en zijn volgelingen van Gorgom. Makino, een wetenschapper die aan Gorgoms uiterst geheime robotexperiment werkt, ontsnapt uit de kwaadaardige organisatie en keert terug naar Tokio, maar ontdekt dat zijn vrouw en dochter zijn ontvoerd. Als Kamen Rider Black reist Kotaro naar Yubari om Makino's familie te redden en de stad te bevrijden uit de kwade greep van Shadow Moon.
UFO's verschijnen op aarde en mensen die ze daadwerkelijk zien, merken plotseling dat hun bloed blauw is geworden. Al snel leiden paniek en hysterie ertoe dat de nieuwe 'blauwbloeden' door de rest van de mensheid worden vervolgd, en uiteindelijk beginnen bepaalde maar al te bekende maatregelen tegen hen te worden genomen.
Dr. Kozak is een briljant bio-geneticus die ervoor heeft gezorgd dat Skye en haar man toch nog een zoontje, Chris, hebben kunnen krijgen. Helaas overlijdt Chris op jonge leeftijd. Dan ontdekt Skye bij toeval een jongetje dat een tweelingbroer van haar zoontje had kunnen zijn. Dr. Kozak noemt dit toeval, maar Skye ruikt onraad en stelt een onderzoek in. Als ze dicht bij de waarheid is, doet Dr. Kozak haar een voorstel: in ruil voor haar zwijgen, krijgt zij een kloon van haar overleden zoontje: een nieuwe Chris. Wat zal ze doen?