Helba heeft speciale warmwaterbronnen voor de .hack-personages voorbereid, zodat ze wat rust en ontspanning kunnen krijgen. Kite, Elk, Tsukasa, Mimiru en vele andere personages uit de serie verschijnen voor deze beloning in The World. Er is slechts één klein addertje onder het gras: Helba zal de exacte locatie van de bronnen niet onthullen. Het wordt al snel een race tussen de cast van .hack//SIGN en de personages uit de game om te zien wie het als eerste kan vinden. Dit is echter een addertje onder het gras, terwijl iedereen de bronnen probeert te vinden, loopt iemand rond en vermoordt de andere karakters. Wie zal als eerste de bronnen bereiken en wie zit er achter de dood van veel van de andere personages?
Grijp de geheime gegevens van de rebellen met behulp van de Surface! Er is een lek dat zegt dat de gigantische onderneming Ishimiya Industry een daad van internationaal terrorisme zal begaan, en Motoko Kusanagi en de Armored Riot Police gaan erop uit om de pluggegevens in beslag te nemen!
Todd woont in Providence samen met zijn vriendin Lucy. Wanneer Lucy een baan in Seattle aangeboden krijgt, is Todd erop gebrand zijn hele leven te veranderen. Verhuizen of een langeafstandsrelatie is niet iets waar Todd op zit te wachten. Todd komt echter tot inkeer als zijn kwaadaardige tweeling uit een parallel universum arriveert om zijn vriendin te stelen.