Mazinkaiser vs. de Grote Generaal van de Duisternis is een hervertelling van Mazinger Z versus de Grote Generaal van de Duisternis uit 1974. Het nieuwe Mazinger-team wordt overweldigd door de verrassingsaanval van het ondergrondse Mykene-rijk, waarbij veel slachtoffers vallen, maar Mazinkaiser verslaat uiteindelijk de krachten van het kwaad en eindigt met een bitter duel tegen de leider van Mykene, de Grote Generaal van de Duisternis.
Sovjet wetenschapper Petrovich baant zich een weg naar de zon, maar er wordt nooit meer iets van zijn ruimtevaartuig vernomen. Later onderzoekt Andrews laboratorium middelen ter bescherming tegen dodelijke straling. Andrew herhaalt de reis van Petrovich en biedt zijn leven aan om een in een baan rond de aarde draaiend wetenschappelijk laboratorium te redden, dat de oplossing voor het probleem bevat.
Een Amerikaanse senator wordt na een ernstig auto-ongeluk weggevoerd naar een geheim medisch laboratorium in New Mexico. Zijn verwondingen zijn volledig genezen door een geheime organisatie die geavanceerde medische technologie heeft ontwikkeld. Wat wil de organisatie in ruil voor het redden van zijn leven? Ondertussen besluit een verslaggever die getuige was van het ongeval de verdwijning van de senator te onderzoeken.