Het verhaal van de anime speelt zich af in het jaar 2202, drie jaar na de terugkeer van de Yamato van de planeet Iscandar. De mensen op aarde herstelden hun planeet met het Cosmo Reverse System en tekenden een vredesverdrag met Garmillas. Naast de wederopbouw heeft de aarde een nieuwe verdedigingsvloot ontwikkeld, waaronder het ultramoderne slagschip Andromeda. De aarde bewandelt een pad van militaire expansie, ondanks de wensen van Starsha Iscandar. De Yamato helpt deze zogenaamde vrede te verwezenlijken, maar dit gaat ten koste van vele onschatbare offers. De godin Teresa, die bidt voor rust in de ruimte, roept de Yamato op voor een nieuwe reis. De dreiging van Gatlantis raast over het universum en nadert de aarde.
Julia, een aankomend ambitieuze wetenschapper probeert samen met de programmeur Rebecca het verouderingsproces van cellen te vertragen. Als ze op het punt van een doorbraak staan komen ze erachter dat Julia's vriendje Erik een terminale ziekte heeft. Naarmate zijn toestand verslechtert zijn ze genoodzaakt de morele grenzen te overschrijden. In het geheim maken ze een lab in hun appartement en beginnen daar met experimenteren en Erik is het proefkonijn.
“Mobile Police Patlabor Reboot” maakt deel uit van de “Patlabor”-franchise die meerdere anime-, live-action-, manga-, light novel- en videogame-aanpassingen toont.
24e eeuw. Het universum zoals wij dat kennen is geleidelijk onder het juk van machtige maffia-organisaties gevallen. De meest angstaanjagende van allemaal, de Space Pirates Guild, is gretig op zoek naar de enige man die tegen hen in opstand is gekomen, een eenzame piraat wiens naam resoneert als een legende: Cobra! Planeet Venus.