De gekke wetenschapper Herbert Von Krantz vindt een apparaat uit om alle kernwapens te steriliseren, en een gekke kudde rivaliserende spionnen probeert wanhopig het in handen te krijgen.
Derde en bekendste inzending in de Mark IV-serie fundamentalistische apocalypsfilms. De fundamentalistische christelijke guerrilla David helpt veroordeelde dissidenten te ontsnappen, probeert het geautomatiseerde Merkteken van het Beest te ondermijnen en probeert in het algemeen te overleven terwijl de profetie zich ontvouwt in de opkomst van de Antichrist tot het hoogtepunt van zijn macht en het begin van Gods oorlog tegen de zondige mens.
Wanneer er in 2008 een machtige nieuwe vijand opduikt, bekend als de Legendorga, onderzoekt Wataru het mysterie achter de crisis, wat hem in contact brengt met een man die Nago ooit kende, Shiramine Takato, wiens 3WA ook hun eigen Rider System bezit. Wanneer Shiramine uitlegt hoe alles begon in 1986, gebruikt Wataru de tijddeur van Castle Doran om terug in de tijd te reizen, waardoor hij zijn vader eindelijk persoonlijk ontmoet. Maar is Wataru erin geslaagd de toekomst te veranderen, of zal de Legendorga nog steeds opstaan en de mensheid tot slaaf maken?
Zes maanden zijn verstreken sinds de gebeurtenissen van de vorige film. Fate Testarossa is teruggekeerd naar Uminari City, samen met Lindy Harlaown, haar voogd en leeft het leven van een normaal basisschool meisje samen met Nanoha Takamachi en haar vrienden. Het weerzien tussen de twee nieuwe vrienden wordt echter abrupt onderbroken, wanneer ze worden aangevallen door vier oude magische gebruikers die zichzelf als de "Wolkenritter" identificeren. Als de motieven achter de acties van de Wolkenritter duidelijker worden, bevinden Nanoha en Fate zich in een race tegen de klok om de heractivering van een zeer gevaarlijk artefact bekend als "The Book of Darkness" te stoppen.