Hoyle, een meisje met een scherpe geest en een zwak voor bourbon, komt op het spoor van een teruggetrokken genie. Gaandeweg wordt haar realiteit onsamenhangend en surrealistisch. Haar trouwe partner en een etherische loungezangeres helpen haar op weg, maar uiteindelijk moet ze naar binnen keren en de confrontatie aangaan met haar eigen schaduw.
In het jaar 2000 vraagt Oostenrijk onafhankelijkheid aan, aan de regerende organisatie "World Global Union". Maar wanneer er in Oostenrijk een nieuwe president wordt verkozen, begint de "World Global Union" het land Oostenrijk meer en meer als een bedreiging te zien.
Een spion wordt teruggebracht uit een cryogene schorsing nadat hij bijna om het leven is gekomen bij een vliegtuigongeluk en terugkeert van een missie om meer te weten te komen over een dodelijk nieuw wapen dat in het Oosten wordt ontwikkeld. Maar de vitale herinneringen worden onderdrukt, dus gebruiken de autoriteiten ultra-geavanceerde technologieën om het geheim te ontrafelen.
Acht jaar nadat zijn vader bij een experiment is verdwenen, zoekt Jac hem in alle hoeken van het heelal. Op zijn reis ontmoet hij de vreemdste wezens en bezoekt hij bizarre planeten. Hij vindt zijn vader terug op de planeet Raphicca, 27,2 miljoen lichtjaren van huis. Het is een planeet vol magie waar buitenaardse wezens leven en strijden volgens een middeleeuwse riddercode. Jac realiseert zich dat zijn reddingspoging alleen zal slagen als hij zijn vaders reusachtige buitenaardse vriend helpt de troon van Raphicca terug te krijgen. Thru the Moebius Strip is een intergalactische versie van het sprookje van Jaap en de bonenstaak, gebaseerd op de waanzinnige striptekeningen van Jean 'Moebius' Giraud.