Prahastha, een eenzame astronaut, werkt in een ruimteschip. Elke ochtend komt zijn ruimteschip dicht bij de aarde en worden ladingen afgeleverd bij de aankomsthal. Deze Cargos zijn mensen die net op aarde zijn gestorven en we leren dat Prahastha werkt voor Post Death Transition Services – een groot, baanbrekend, bureaucratisch bedrijf dat dode mensen opslaat, overdraagt en recycleert voor wedergeboorte. Vandaag, na vele jaren, zal een jonge, populaire astronaut – Yuvishka, opgeleid in de allernieuwste technologie, zich bij het ruimteschip voegen als zijn assistent.
Diep in de Himalaya doodt een groep sherpa's een gigantisch mensachtig wezen. Ervan overtuigd dat het de legendarische Yeti is, organiseert Dr. Claire Collier een expeditie met onder meer haar oud-leerling Matt Connor en jager Rondo Montana om naar meer exemplaren te zoeken. Maar wat hen te wachten staat, is iets dat geen van hen zich had kunnen voorstellen. Een kleurrijke samensmelting van echt beeld en stop-motion die doet denken aan fantastische films uit de jaren tachtig.
In de verre toekomst zal de mensheid grote delen van de Melkweg bevolken. Maar er is al 150 jaar oorlog in de Melkweg. Want terwijl het Galactische Rijk streeft naar monarchie, wil de Alliance of Free Planets democratie invoeren. Midden in deze moeilijke tijden ontmoeten de twee rivaliserende grootmachten, geleid door Reinhard von Lohengramm en Yang Wen Li, elkaar en al snel breekt er een strijd om roem, macht en eer uit!
De nabije toekomst. De president van de Verenigde Staten huurt een groep huurlingen in. Hij geeft hen de opdracht af te reizen naar een onderzoeksfaciliteit om een buitenaards wapen in beslag te nemen.
Terwijl Commander Cobra en Serpentor elkaar de schuld geven van het voortdurende falen van de organisatie, infiltreert Pythona, een vrouw van de geheime beschaving Cobra-La, in de Terror Drome. Onthuld aan Serpentor, informeert ze hem dat Cobra-La de persoon was die verantwoordelijk was voor het inspireren van Dr. Mindbender om Serpentor te creëren. Op zijn aandringen besluit Serpentor G.I. Joe's nieuwste wapen, de Broadcast Energy Transmitter (BET), te stelen.
De bewoners van een woonwagenkamp weten niet wat hen overkomt wanneer door een tropische storm het hele kamp onder water komt te staan. Al snel blijkt dat dit de schuld is van een ontwikkelaar, die interesse heeft in het stuk grond.
Na het verlies van zijn dochter Eleanor probeert een beroemde wetenschapper, Dr. Herbert West, die experimenteert met een speciaal serum dat door hem is uitgevonden, wanhopig haar weer tot leven te wekken.
Zoals de titel aangeeft, onderzoekt het het mysterie dat de Arcadia bevat, dat niets anders is dan de verbinding tussen de scheepscomputer en zijn schepper, Tochiro. Dit verhaal is gebaseerd op hoofdstuk 13 van de eerste serie.