De nabije toekomst. Door problemen met het milieu zijn veel gebieden onvruchtbaar en doet er zich op de gehele planeet een tekort aan voedsel voor. Een nieuw type drones is nog de enige manier om succesvol voedsel te oogsten. Claudia en haar mentor John zijn twee mensen die zich om anderen bekommeren. De problemen beginnen wanneer John een mysterieuze dood sterft. Hebben de drones er misschien iets mee te maken?
Lelouch alias Zero staat met zijn rug tegen de muur: niet alleen is zijn kleine zusje Nunnally, die alles voor hem betekent, ontvoerd en zijn voormalige beste vriend Suzaku negeert al zijn hulpkreten, ook de Orde van de Zwarte Ridders lijkt te zijn langzaam het vertrouwen in hun leider verliezen. Lelouchs hoop om zijn vader, de keizer, omver te werpen, vervaagt. De enige optie die hem rest in dit alles-of-niets-politieke schaakspel is het verslaan van het imperium dat hij van binnenuit haat. Maar in deze laatste beslissende strijd zal hij niet alleen het hoofd moeten bieden aan zijn tirannieke vader, maar ook aan zijn moeder, waarvan men dacht dat ze dood was, en Nunnally, die zich heeft afgekeerd van Lelouch...
Waar komen we vandaan en waar gaan we heen? De eeuwige vraag van de mensheid die religies door de eeuwen heen hebben geprobeerd te beantwoorden - het is het einde van het jaar 2012. Het universum staat op het punt een imposante planetaire uitlijning te ondergaan en er zal binnenkort een totale zonsverduistering plaatsvinden op planeet Aarde. Grote vibratieveranderingen staan voor de deur en zullen ons gaan storen. De acht leden van de Galactische Raad, onder leiding van Lord Ogmha (William Shatner), komen bijeen om de effecten van de aanstaande afstemming te bespreken. Verraad brengt de aarde in gevaar en de LENS, de harde schijf (kristallen kern) met de opname van de hele geschiedenis, DNA, herinneringen en kern van de mensheid, is ergens in Italië verborgen. Iedereen is ernaar op zoek. Als de lens wordt geopend en in de verkeerde handen terechtkomt, kan dit voor de mens een schokkende gebeurtenis onthullen
In het jaar UC 0071, drie jaar na het ontsnappen aan de Zabi-factie op een oceaanvrachtschip, leven Artesia en Casval gelukkig in Andalusië, Spanje, aarde onder de identiteiten van respectievelijk Sayla Mass en Éduoard Mass; vermomd als de kinderen van Don Teabolo Mass, een oude vriend van hun vader Zeon Zum Deikun.
Het verhaal vindt plaats in Neo Tokio in het jaar 2025, vijf jaar na een ernstige terroristische aanslag op de Olympische Spelen van Tokio 2020. Studenten die speciale vaardigheden bezitten worden gedwongen in dienst te treden van een elite anti-terrorisme-eenheid die door de Verenigde Naties, de strijd tegen bedreigingen, inclusief tegen andere gebruikers met speciale mogelijkheden. Als deze agenten falen in hun missie, zullen ze worden gedood, samen met hun families, die bommen in hun hoofd ingeplant hebben. Een lid van deze heimelijke ops-eenheid, een Zweedse meisje door de naam van Anthea Kallenberg, tracht uit te vinden wie ze werkelijk is.
Vijftien jaar zijn verstreken sinds de eerste mislukte invasie van de aarde door de marsmannetjes. Het is het jaar 1914 en aan de vooravond van de Eerste Wereldoorlog lanceert Mars een plotselinge en nog verwoestende tweede aanval. Een kleine verdedigingsmacht, A.R.E.S., is de enige hoop van de aarde. De reus A.R.E.S. gevechtsstatief GOLIATH wordt opgeroepen voor oorlog, en zijn jonge multinationale bemanning moet hun angsten onder ogen zien in hun strijd om de mensheid te redden van de buitenaardse indringers.
Ergens in de verre toekomst: de mensheid staat op de rand van uitsterven. Kapitein Wake komt in de ruimte een superieure buitenaardse technologie op het spoor die de machtsbalans in het universum bedreigt. De technologie blijft niet lang verborgen en Wake slaat op de vlucht om uit handen te blijven van zijn vijanden en de intergalactische huurlingen die de vondst voor eigen doeleinden willen gebruiken.