Het verhaal speelt zich af in de Verenigde Staten. Wallace is een Digisavior die in de VS woont, maar in tegenstelling tot de andere kinderen heeft hij twee Digimons. Helaas werd een van hen besmet met een virus, waardoor hij geleidelijk kwaadaardig werd. Een paar jaar later reizen Hikari en Takeru door New York wanneer Hikari een vreemde aanwezigheid voelt. De tieners komen oog in oog te staan met de kwaadaardige Digimon en vervolgens met Wallace, die de enige lijkt te zijn die hem kan tegenhouden. De Japanse Digisaviors zullen zich dan verzamelen om hem te helpen.
In Engeland worden enkele studenten vermoord door een mysterieus wezen. Het schepsel wordt gevangen genomen en naar antropologe Brockton gebracht. Zij ontdekt dat het wezen 'Trog' is, de ontbrekende link tussen mens en aap. Ze besluit Trog te bestuderen en op te voeden. Maar hij ontsnapt en ontvoert een meisje. Brockton en haar collega's starten meteen een grootscheepse zoektocht.
Een team wetenschappers vindt op de Noordpool een meteoriet. Ze nemen de steen mee naar hun schip, waar iedereen langzaam maar zeker besmet raakt met een dodelijk virus. Uit het niets verschijnt ineens een zwaar gewonde militair. Hij heet Foster en beweert vanuit de toekomst naar het heden te zijn gekomen om de mensheid te behoeden voor een ramp. Als de boot met het besmettelijke virus namelijk naar de bewoonde wereld zou terugkeren, raakt binnen de kortste keren de hele wereld besmet. Foster moet dat te zien voorkomen, maar wordt op de hielen gezeten door verraders uit zijn team, die zo hun eigen motieven hebben om de missie te saboteren...