Fate/Prototype is een opnieuw ontworpen versie van Kinoko Nasu's originele versie van Fate/stay night. De verhaallijn speelt zich acht jaar na het tragische Heaven's Feel af. Hier is de Heilige Graal nog steeds het zo gewilde object. De duisternis onder deze zogenaamde 'Graal' wordt echter onthuld terwijl de personages tegen elkaar vechten om te winnen.
In 1895 trotseert de Indiase jongen Shiv Talpade in Mumbai de Britse overheersing en de schaarse financiële middelen - en natuurkunde - om 's werelds eerste vliegtuig te bouwen.
Sneeuwwitje - een fee uit het land van Frost, verlangt ernaar naar de aarde te gaan en te weten wat liefde is. Haar vader Mráz haalt haar haar wens uit haar hoofd, maar geeft uiteindelijk toe. Het meisje komt terecht in een dorp waar haar opa en oma voor haar zorgen. Alle jonge mensen in de buurt zijn verliefd, alleen de koude schoonheid voelt nog steeds geen gevoelens. Tot er op een dag een rijke koopman in het dorp verschijnt en Sneeuwwitje wil leren liefhebben... Een sprookje gebaseerd op het toneelstuk van Aleksandr Ostrovskiy.
Een bioloog, geobsedeerd door het idee een verhandeling te schrijven over een nieuw soort muis, wordt getuige van een aantal bizarre en gruwelijke gebeurtenissen, van de zelfmoord van zijn zoon, tot de S&M-praktijken van respectabele mannen van middelbare leeftijd, tot de moorden van zijn eigen familie. psychische morbiditeit.