Op een dag ontdekken vier neven in het familiehuis een doorgang naar een mysterieuze wereld. Gevangen in dit opgegraven land, het koninkrijk Keoherus, moeten ze de Guardian of Time confronteren en het hoofd bieden aan duistere krachten en beesten om hopelijk thuis te komen.
Charmanders stem roept vanuit de duisternis of het goed gaat met Squirtle. De slapende jongen wordt wakker en kan zichzelf niet geloven als hij een pratende Charmander ziet. Charmander wijst er vervolgens op dat hij ook een Pokémon is. De jongen kijkt naar zijn spiegelbeeld bij een rivier naast hem en ziet dat het waar is! Hij is in een Squirtle veranderd en kan zich helemaal niet herinneren hoe dit was gebeurd.
Na het einde van de burgeroorlog die Japan verscheurde, werken de nieuwe gouverneurs van Touto, Hokuto en Seito samen om het land te herenigen. Ze zijn echter feitelijk lid van een buitenaards ras genaamd de 'Blood Tribe' (dezelfde soort als Evolto), die hun regeringsposities op zich namen als onderdeel van een plan om de aarde te vernietigen, zoals ze eerder met Mars en andere planeten hebben gedaan. De Blood Tribe beschouwt Sento Kiryū (Kamen Rider Build) als een grote bedreiging voor hun plannen en manipuleert zijn vrienden en andere burgers om hem aan te vallen. Nu zelfs zijn naaste bondgenoot Ryūga Banjō (Kamen Rider Cross-Z) tegen hem is, moet Sento vechten om te overleven en te voorkomen dat het plan van de Bloedstam slaagt.