Meester Spion vertelt het verhaal van de 11-jarige Tim die samen met zijn ouders en zusje naar een hotel aan de kust verhuist. In het begin kan Tim moeilijk wennen aan zijn nieuwe thuis, tot hij Simon ontmoet.
De wereld wordt bedreigd door de kwaadaardige Dr. Mindskull en de autoriteiten schuiven 'leeuwman' Nac naar voren om hem te bevechten. Maar de onwillige Nac ontsnapt en neemt daarbij een geheimzinnig, continu slapend meisje mee.