Terwijl Commander Cobra en Serpentor elkaar de schuld geven van het voortdurende falen van de organisatie, infiltreert Pythona, een vrouw van de geheime beschaving Cobra-La, in de Terror Drome. Onthuld aan Serpentor, informeert ze hem dat Cobra-La de persoon was die verantwoordelijk was voor het inspireren van Dr. Mindbender om Serpentor te creëren. Op zijn aandringen besluit Serpentor G.I. Joe's nieuwste wapen, de Broadcast Energy Transmitter (BET), te stelen.
De twaalfjarige Travis Barclay en zijn kleine zusje Whitney worden tegen hun zin in op zomervakantie gestuurd naar opa en oma in Delbert County. Een gierige projectontwikkelaar, Norm Blandsford, probeert aldaar het kleine stadje op te kopen.
Zoals de titel aangeeft, onderzoekt het het mysterie dat de Arcadia bevat, dat niets anders is dan de verbinding tussen de scheepscomputer en zijn schepper, Tochiro. Dit verhaal is gebaseerd op hoofdstuk 13 van de eerste serie.
Uitgezonden na aflevering 174 - Het is het laatste optreden van een groot acteur en toneelschrijver, maar verschillende acteurs stopten plotseling. Gelukkig bieden de Straw Hats aan om hun plaats in te nemen. De stoppende acteurs blijken echter meer dan toeval te zijn als ze een marinier ontmoeten die wrok koestert tegen de toneelschrijver.
Het verhaal speelt zich af in 1952 in Grey Rocks (Nova Scotia), een eeuwenoud dorp dat 250 jaar geleden bekend stond als een erg geliefde haven bij piraten.
Deze film is een parodie op 'Planet of the Apes' (1968) en volgt stap voor stap de verhaallijn van het origineel - ondanks dat het een gekke parodie is op de originele film. Een groep mannen landt in een ballon op een gebied (het is geen planeet, het lijkt meer op een heuvel) waar pratende apen regeren en mensen slaven zijn. De apen proberen de jongens in apen te veranderen; een apenprinses wordt verliefd op een van hen; enzovoort. Deze film is een van de vele films gemaakt voor de populaire Braziliaanse groep 'Os Trapalhões' - Didi (Renato Aragão), Dedé, Mussum en Zacarias (die op dat moment nog niet bij de groep waren aangesloten) -, waarvan vele geïnspireerd zijn door Amerikaanse blockbusters. Het is erg leuk entertainment, maar de humor is erg 'lokaal' en kan in andere landen worden begrepen. Oh ja, de 'make-up' van de aap is verschrikkelijk, maar dat hoort bij het plezier. De film neemt zichzelf niet serieus.