'Het Zwijgen' gaat over onderzoeker Victor Dreissen (Vincent Croiset). Hij ontdekt in zijn onderzoeksinstituut Drentse liederen uit het begin van de vorige eeuw. Die liederen zijn bijzonder. Ze gaan over misdaden die gepleegd zijn en nooit zijn opgelost. Speciaal door één lied wordt Victor Dreissen gegrepen. Hij raakt verliefd op de stem van het lied en reist af naar Drenthe, op zoek naar de oorsprong en achtergrond. Hij weet dan nog niet dat degene die deze liederen wil nazingen of najagen nooit meer zal terugkeren.
In een verlaten fort probeert een man zijn verloren liefde terug te vinden. Hij is bereid daarvoor grote offers te brengen. Alles, om weer compleet te zijn.
Het concentreert zich op een team dat een plaats delict opruimt en bij een plaats delict een met contant geld gevulde koffer ontdekt. Door de ontdekking komen ze in de strijd met een misdaadbaas, huurmoordenaar en corrupte overheidsagenten die op zoek zijn naar het geld.
Een alcoholische vrouw wiens huwelijk op de klippen loopt, vindt een onwaarschijnlijke bondgenoot in een gewonde drugsmuilezel wanneer ze samen gedwongen worden haar huis te verdedigen tegen een gewelddadige belegering door corrupte politieagenten uit een kleine stad.
Na twintig jaar ten onrechte in de gevangenis te hebben gezeten voor de moord op zijn dochter, keert Frank terug naar zijn geboorteplaats op het platteland. Oude wonden worden opengehaald en geruchten uit het verleden duiken op die hem achtervolgen. Frank wil weten wie zijn dochter heeft vermoord en gaat op onderzoek.