Yusuke, een wees, laat Rouge, de aan geheugenverlies lijdende oudste dochter van de afgezette koninklijke familie van de Onderwereld, letterlijk uit de lucht in zijn schoot vallen. Ze wordt al snel gevolgd door haar twee jongere zussen en ook de vijanden van hun familie. Rouge moet beslissen of ze wil dat haar geheugen terugkeert, terwijl Yusuke moet omgaan met de omwentelingen in zijn leven die de prinsessen hebben veroorzaakt.
Toen een kwaadaardig buitenaards wezen genaamd Mondraggor probeerde een oud object te stelen, genaamd de Piramide van Macht, viel de piramide in vele stukken uiteen, die zich over de hele wereld verspreidden. Elke week kwam Mondraggor in botsing met twee menselijke broers, Peter en Peggy Darrow, vergezeld van drie pratende panda's genaamd Chesty, Timothy en Algernon, bestraald door de magie van de Piramide. De drie zouden zich kunnen verenigen om Poppappanda te vormen, een wezen met bovennatuurlijke krachten. In de lucht had Mondraggor controle over wind, vuur, donder en bliksem. Op aarde verdwenen echter al zijn krachten, behalve het vermogen om de geest van mensen te beheersen, wat hem ertoe bracht verschillende mensen te hersenspoelen in een poging de stukken van de piramide terug te winnen.
Wanneer de Teenage Mutant Ninja Turtles Mutastones verwerven van Crys-Mu, de geest van het licht, verwerven ze het vermogen om zichzelf gedurende drie minuten te verbeteren tot Super Turtles. Ondertussen stuiten de kwaadaardige Shredder en zijn handlangers Bebop en Rocksteady op de Dark Mutastone, die hen verandert in respectievelijk Devil Shredder, Supermutant Bebop en Supermutant Rocksteady. Maar de Turtles hebben nog een trucje in petto: ze kunnen alle vier gecombineerd worden tot hun ultieme vorm: Turtle Saint.
Matt, een Amerikaanse journalist, en zijn verloofde Jessie worden beiden gedood tijdens een explosie. Hun leven gaat verder in een mysterieuze wereld met eindeloze rivieren. Iedereen die dood gaat op aarde wordt naar deze mysterieuze wereld gestuurd. Vast besloten om Jessie te vinden , bundelt Matt de krachten met een strijdster uit de 13de eeuw en schipper Mark Twain. Hun avontuur begint stroomopwaarts en al die tijd worden ze in de gaten gehouden door een mysterieuze buitenaardse kracht.